出力ファイル

一般的な出力例

出力ファイルの見方について、「実行方法」で述べた計算例の結果を基に簡単に述べる。計算を実行すると log ファイルと cpf ファイルの出力ファイルが得られる。

log ファイルには以下に挙げる項目などが出力されている。

• 計算に使用されたノードの一覧

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  ======================= ## PROCESSOR NAME ======================= Rank = 0 : host1 Rank = 1 : host2 Rank = 2 : host3 :

• 計算に用いられるオプション内容

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  ====================== ## READ NAMELIST ====================== ## READ NAMELIST "CNTRL" : IOSTAT = 0 Title = TrpCage_Hopt_MP2_IJ

• 分子構造及びフラグメント情報

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  ========================================== ## MOLECULE AND FRAGMENT INFORMATION ========================================== ## READ MOLECULAR STRUCTURE FROM PDB-FILE 1 N 1 18.472000 27.513000 20.840000 1 2 H 1 18.713000 28.445000 20.534000 1 3 H 1 18.983000 27.293000 21.688000 1 4 H 1 17.483000 27.491000 21.068000 1 5 C 1 18.739000 26.506000 19.792000 1 : 省略 ## Molecular formula H 150 C 98 N 27 O 29 : 省略 Seq. Frag. Residue S-S N-term. C-Term. Charge 1 1 ASN T F 1 Uncharged Polar 2 2 LEU F F 0 Nonpolar 3 3 TYR F F 0 Uncharged Polar 4 4 ILE F F 0 Nonpolar 5 5 GLN F F 0 Uncharged Polar : 省略

• モノマーSCC 計算結果

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  ================================================= ## MONOMER SELF CONSISTENT CHARGE PROCEDURE ================================================= SCC Tv (Energy) = 0.5E-06 hartree SCF Tv (Energy) = 0.1E-07 hartree SCF Tv (Density) = 0.1E-05 Iteration Electronic energy delta E NSCF Threshold theta ---------------------------------------------------------------------------- 1 -14132.9886651647 -14132.9886651647 137 0.0100000000 0.000 2 -14354.9502315103 -221.9615663456 56 0.0100000000 0.000 3 -14259.2963643579 95.6538671524 40 0.0100000000 0.000 : 省略 28 -14281.6552964626 0.0000003080 40 0.0000000100 0.000 SELF CONSISTENT CHARGE COMPLETED : 省略

• 各フラグメントペアのダイマーSCF 計算結果

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  ----------------------------------------------- * ifrag,jfrag,rmin = 7 3 4.5787 ----------------------------------------------- ELECTRONS = 148 , NBO = 238 ## DIMER SCF Iteration Electronic energy delta E delta D Emax m Method --------------------------------------------------------------------------------------------- 1 -2339.9868421048 -55.8565453223 1.0437694356 0.0004791486 1.00 ODA 2 -2339.9868944979 -0.0000523931 0.0008653099 0.0001370451 1 DIIS 3 -2339.9868977502 -0.0000032523 0.0002935328 0.0001252731 2 DIIS : 省略 9 -2339.9868984542 -0.0000000002 0.0000011237 0.0000003186 5 DIIS DIMER SCF COMPLETED

• ダイマーSCF（HF 及び MP2）のサマリ

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  ===================================== ## SUMMARY OF DIMER SCF AND MP2 ===================================== : 省略 Frag. No. Dimer HF energy (E'(I,J)) Dimer MP2 energy 2 1 -649.6261177786 -1.3452806525 3 1 -821.7797248939 -1.6574610006 3 2 -897.5861059219 -1.8686057399 4 1 -634.5669061068 -1.3007770163 4 2 -695.2679756686 -1.4652974902 4 3 -897.6692890844 -1.8644690195 : 省略

• IFIE

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  =================================================== ## Interfragment interaction energy analysis ===================================================== ## Non-bonding interfragment interaction energy Frag. Non-bonding interaction energy / hartree / kcal/mol / kJ/mol 1 0.0459507852 28.834553 120.643769 2 -0.0486175999 -30.508004 -127.645491 3 -0.0579673555 -36.375065 -152.193270 : 省略 ## MP2-IFIE IJ-PAIR DIST DIMER-ES HF-IFIE MP2-IFIE PR-TYPE1 GRIMME JUNG HILL / A APPROX. / Hartree / Hartree / Hartree / Hartree / Hartree / Hartree ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 2 1 0.000000 F -15.127711 -0.043867 0.000000 -0.037882 -0.034890 -0.029971 3 1 3.533609 F 0.011185 -0.001489 0.000000 -0.001267 -0.001156 -0.001057 3 2 0.000000 F -15.089418 -0.050422 0.000000 -0.043298 -0.039735 -0.034948 : 省略

• Mulliken 原子電荷

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  ================================= ## Mulliken atomic population ================================= No. Atom Atomic pop. Net charge 1 N 7.872795 -0.872795 2 H 0.550925 0.449075 3 H 0.525347 0.474653 4 H 0.500024 0.499976 5 C 6.148784 -0.148784 6 H 0.651260 0.348740 7 C 6.422439 -0.422439 8 H 0.776440 0.223560 9 H 0.717005 0.282995 : 省略

• トータルエネルギー (各手法別に表示)

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  ========================= ## FMO TOTAL ENERGY ========================= = 4384641.1986584533 FMO2-HF Nuclear repulsion = 47278.1490041253 Electronic energy = -54714.4842881611 Total energy = -7436.3352840358 E(FMO2-MP2) = -15.3097121062 Electronic energy = -54729.7940002673 Total energy = -7451.6449961420 : 省略

• タイムプロファイル

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  ===================== ## TIME PROFILE ===================== Elapsed time: Monomer SCF = 278.5 seconds Elapsed time: Monomer MP2 = 39.6 seconds Elapsed time: Monomer (Total) = 320.1 seconds Elapsed time: Dimer SCF = 237.1 seconds Elapsed time: Dimer MP2 = 908.8 seconds Elapsed time: Dimer (Total) = 1167.1 seconds Elapsed time: FMO (Total) = 1487.2 seconds

cpf ファイルには、(構造最適化を行った場合には) 最終構造、 IFIE、フラグメントの MO 係数などが出力され、 BioStation Viewer で可視化することができる。詳細については、「Check Point File フォーマット」を参照のこと。

MDの出力例

(F)MO-MD 計算 (以下 MD) の出力ファイル

MD 計算の結果は、すべて ABINIT-MP の標準出力に書き出される。よって、莫大な量になる。

MD に関わる 出力は、 ”MDSTEP”という ラベルがついているので、 grep でそれだけ取り出すことが可能である。F5H6 の出力を例に取ってみる。

• 先頭部分

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  MDSTEP= INITIAL: MD SIMULATION MDSTEP= INITIAL: NATOM= 11 MDSTEP= INITIAL: NSTEP= 100 MDSTEP= INITIAL: ENSEMBLE= NVE MDSTEP= INITIAL: NBOANL= OFF

• MD の中間部分

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  MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 BEGIN MD MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 VCENTROID -0.1429984 0.0977681 0.0144597 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 TEMP_CENT(K)= 512.426852 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 ANG-MOMENT -14.6222790 -12.8418014 -2.4722960 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 RXYZ BEGIN (Angstrom) MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 RXYZ ATOM 1 -2.54944 -0.59742 -0.24744 1 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 RXYZ ATOM 2 -2.15812 -1.43176 -0.25182 1 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 RXYZ ATOM 3 2.66630 -0.50843 0.05570 1 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 RXYZ ATOM 4 3.59009 -0.45765 0.00680 1 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 RXYZ ATOM 5 -1.21784 1.23000 0.39544 1 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 RXYZ ATOM 6 -0.24465 1.24769 0.07275 1 : 省略 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 TEMPERATURE(K)= 606.494570 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 ENE_POT(kcal/mol)= -0.31392075E+06 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 ene_fmo= -0.31392075E+06 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 ene_sphere= 0.00000000E+00 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 ENE_KIN(kcal/mol)= 0.19874221E+02 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 ENE_TOT(kcal/mol)= -0.31390088E+06 MDSTEP= 1 TIME(ps)= 0.00050 END

• 終結部分

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  : 省略 MDSTEP= LAST: ENE_TOT RMSINI= 0.10767211E+02 MDSTEP= LAST: ENE_TOT AVERAGE= -0.31389132E+06 MDSTEP= LAST: ENE_TOT RMSAVG= 0.49163646E+01 MDSTEP= LAST: ENE_POT INITIAL= -0.31392056E+06 MDSTEP= LAST: ENE_POT RMSINI= 0.12472507E+02 MDSTEP= LAST: ENE_POT AVERAGE= -0.31390931E+06 MDSTEP= LAST: ENE_POT RMSAVG= 0.53698261E+01 MDSTEP= LAST: ENE_KIN INITIAL= 0.19661400E+02 MDSTEP= LAST: ENE_KIN RMSINI= 0.38714240E+01 MDSTEP= LAST: ENE_KIN AVERAGE= 0.17983288E+02 MDSTEP= LAST: ENE_KIN RMSAVG= 0.34888200E+01 MDSTEP= LAST: TEMPERATURE IN KELVIN MDSTEP= LAST: TEMPERATURE INITIAL= 600.000 MDSTEP= LAST: TEMPERATURE RMSINI= 118.143 MDSTEP= LAST: TEMPERATURE AVERAGE= 548.790 MDSTEP= LAST: TEMPERATURE RMSAVG= 106.467 MDSTEP= LAST: TOTAL COMPUTATION TIME (s)= 18.461 MDSTEP= LAST: COMPUTATION TIME (s/step)= 0.183 MDSTEP= LAST: COMPUTATION TIME (s/fs)= 0.366 MDSTEP= LAST: FMO-MD/MIN GRACEFUL END

このように、 "MDSTEP" ラベルの行には、MD の条件、時々刻々 の物理量の変化 (座標、速度、力、エネルギー類、電荷)、それらの平均などが出力されている。