コンテンツにスキップ

Check Point ファイル

最新版の checkpoint file (Open1.0 rev23)

ABINIT-MP Open1.0 rev23 版の結果ファイルである Check Point File フォーマット Open1.0_rev23 の仕様を以下に示す。check point file の拡張子は .cpf である。尚、このバージョンから、モノマーおよびダイマー計算の出力の際に、出力する項目名をリストアップした上で該当する値のみを出力するように仕様を変更している。

( ) 内は、Fortran の書式、⊔ は半角スペース 1 文字を示す。

xyz 座標の単位は Å、双極子モーメントの単位は Debye、その他は原子単位である。入力チェックの場合は、双極子モーメント の一つ前の行までが出力され、その次の行が END 行となる。

原子、モノマー、ダイマーの値は、出力する項目をファイル先頭 (３～５行目) に指定し、それに従い、出力行でその項目が順に出力される。指定の順番は入れ替え不可である。

1 行目で CPF のバージョンを示す。

  1. バージョンおよびタイトル (1 行):

    1
    CPF⊔Open1.0_rev23 ⊔ TITLE
    • TITLE (a1024): タイトル

  2. 系の情報 (1 行):

    1
    N_ATOM N_FRAG
    • N_ATOM (i10): 原子数
    • N_FRAG (i10): フラグメント数

  3. 原子情報の出力内容のリスト (1 行)

    1
    MUL-HF ⊔ MUL-MP2 ⊔ NPA-HF ⊔ NPA-MP2 ⊔ ESP-HF ⊔ ESP-MP2
    • MUL-HF: Mulliken 原子電荷 (HF 密度) (必須)
    • MUL-MP2: Mulliken 原子電荷 (MP2 密度)
    • NPA-HF: NPA 原子電荷 (HF 密度)
    • NPA-MP2: NPA 原子電荷 (MP2 密度)
    • ESP-HF: ESP 原子電荷 (HF 密度)
    • ESP-MP2: ESP 原子電荷 (MP2 密度)

  4. 双極子モーメントの出力内容のリスト (1 行)

    1
    DPM-HF-X ⊔ DPM-HF-Y ⊔ DPM-HF-Z ⊔ DPM-MP2-X ⊔ DPM-MP2-Y ⊔ DPM-MP2-Z
    • DPM-HF-X: 双極子モーメント (HF 密度) の x 成分 (必須)
    • DPM-HF-Y: 双極子モーメント (HF 密度) の y 成分 (必須)
    • DPM-HF-Z: 双極子モーメント (HF 密度) の z 成分 (必須)
    • DPM-MP2-X: 双極子モーメント (MP2 密度) の x 成分
    • DPM-MP2-Y: 双極子モーメント (MP2 密度) の y 成分
    • DPM-MP2-Z: 双極子モーメント (MP2 密度) の z 成分

  5. monomer 情報の出力内容リスト (1 行)

    1
    NR ⊔ HF ⊔ MP2 ⊔ MP3
    • NR: モノマーの核間反発エネルギー (必須)
    • HF: モノマーの電子エネルギー (必須)
    • MP2: モノマーの MP2 相関エネルギー
    • MP3: モノマーの MP3 相関エネルギー

  6. dimer (IFIE) 情報の出力内容のリスト (1 行)

    1
    NR ⊔ HF ⊔ ES ⊔ MP2 ⊔ PR-MP2 ⊔ SCS-MP2(Grimme) ⊔ MP3 ⊔ SCS-MP3(MP2.5) ⊔ HF-BSSE ⊔ MP2-BSSE ⊔ SCS-MP2-BSSE ⊔ MP3-BSSE ⊔ SCS-MP3-BSSE ⊔ SOLV-ES ⊔ SOLV-NP ⊔ EX ⊔ CT ⊔ DQ
    • NR: IFIE の核間反発エネルギー項 (必須)
    • HF: HF-IFIE の電子エネルギー項 (必須)
    • ES: HF-IFIE の静電エネルギー項 (必須)
    • MP2: MP2-IFIE
    • PR-MP2: PR-MP2-IFIE
    • SCS-MP2(Grimme): SCS-MP2(Grimme)-IFIE
    • MP3: MP3-IFIE
    • SCS-MP3(MP2.5): SCS-MP3(MP2.5)-IFIE
    • HF-BSSE: HF-IFIE-BSSE
    • MP2-BSSE: MP2-IFIE-BSSE
    • SCS-MP2-BSSE: SCS-MP2(Grimme)-IFIE-BSSE
    • MP3-BSSE: MP3-IFIE-BSSE
    • SCS-MP3-BSSE: SCS-MP3(MP2.5)-IFIE-BSSE
    • SOLV-ES: 溶媒による遮蔽効果の ES 項
    • SOLV-NP: 溶媒による遮蔽効果の NP 項
    • EX: PIEDA の EX 項
    • CT: PIEDA の CT 項
    • DQ: PIEDA の Δq

  7. 原子情報 (N_ATOM 行):

    1
    ATOM_I ⊔ ELEM ⊔ ATOM_T ⊔ RES_NAME ⊔ RES_I ⊔ FRAG_I ⊔ X ⊔ Y ⊔ Z ⊔ CHAIN ⊔ OPT ⊔ CHA_MULL_HF ⊔ CHA_MULL_MP2 ⊔ CHA_NPA_HF ⊔ CHA_NPA_MP2 ⊔ CHA_ESP_HF ⊔ CHA_ESP_MP2
    • ATOM_I (i10): 原子の番号
    • ELEM (a2): 元素記号
    • ATOM_T (a4): 原子タイプ
    • RES_NAME (a3): 残基名
    • RES_I (i10): 残基番号
    • FRAG_I (i10): フラグメント番号
    • X (f20.10): x 座標
    • Y (f20.10): y 座標
    • Z (f20.10): z 座標
    • CHAIN (a3): Chain ID
    • OPT (i1): 構造最適化オプション
    • CHA_MULL_HF (f20.10): Mulliken 原子電荷 (HF 密度)
    • CHA_MULL_MP2 (f20.10): Mulliken 原子電荷 (MP2 密度)
    • CHA_NPA_HF (f20.10): NPA 原子電荷 (HF 密度)
    • CHA_NPA_MP2 (f20.10): NPA 原子電荷 (MP2 密度)
    • CHA_ESP_HF (f20.10): ESP 原子電荷 (HF 密度)
    • CHA_ESP_MP2 (f20.10): ESP 原子電荷 (MP2 密度)

  8. フラグメントの電子数 (N_FRAG / 10 + (if (N_FRAG mod 10) > 0, 1, 0) 分の行):

    1
    N_ELECTRON ...
    • N_ELECTRON (10i8):
      • フラグメントの電子数
      • N_ELECTRON が 10 を超える場合は、10 個ごとの複数行になる。

  9. 1 フラグメントに対する他フラグメントの結合数 (N_FRAG / 10 + (if (N_FRAG mod 10) > 0, 1, 0) 分の行):

    1
    N_BOND ...
    • N_BOND (10i8):
      • 結合電子を自分のフラグメントに割り当てたフラグメント間の結合の本数
      • N_ELECTRON が 10 を超える場合は、10 個ごとの複数行になる。

  10. フラグメント間の結合 (フラグメント間結合数 N_BOND 分の行)

    1
    BOND_I BOND_J
    • BOND_I (i10): フラグメントが結合している相手の原子の番号
    • BOND_J (i10): 相手のフラグメントと結合している原子の番号

  11. フラグメント間距離 ((N_FRAG×N_FRAG - N_FRAG)/(2!) 行)

    1
    FRAG_I FRAG_J DISTANCE
    • FRAG_I (*): フラグメント I の番号
    • FRAG_J (*): フラグメント J の番号
    • DISTANCE (*): フラグメント IJ 間の最短原子間距離
    • FRAG_I が 2〜N_FRAG まで出力される間、それぞれの FRAG_I につき FRAG_J が 1〜FRAG_I - 1 の順で出力される。

      • 例:

        1
2
3
4
5
6
7
8
        2 1
3 1
3 2
4 1
4 2
4 3
5 1
 :

  12. 双極子モーメント (N_FRAG 分の行)

    1
    DIPOLE_HF_X DIPOLE_HF_Y DIPOLE_HF_Z DIPOLE_MP2_X DIPOLE_MP2_Y DIPOLE_MP2_Z
    • DIPOLE_HF_X (*): 双極子モーメント (HF 密度) の x 成分
    • DIPOLE_HF_Y (*): 双極子モーメント (HF 密度) の y 成分
    • DIPOLE_HF_Z (*): 双極子モーメント (HF 密度) の z 成分
    • DIPOLE_MP2_X (*): 双極子モーメント (MP2 密度) の x 成分
    • DIPOLE_MP2_Y (*): 双極子モーメント (MP2 密度) の y 成分
    • DIPOLE_MP2_Z (*): 双極子モーメント (MP2 密度) の z 成分

  13. 基底関数 (1 行)

    1
    BASIS_FUNC
    • BASIS_FUNC (a20): 基底関数名

  14. 電子状態

    txt` ELECTRONIC_STATE

    • ELECTRONIC_STATE (a4): 電子状態

  15. 計算方法 (1 行)

    1
    METHOD
    • METHOD (a20): 計算方法

  16. 近似パラメータ (1 行)

    1
    APPROX_AO_POP APPROX_POINT_CHARGE APPROX_DIMER_ES
    • APPROX_AO_POP (*): AO population 近似のパラメータ
    • APPROX_POINT_CHARGE (*): 点電荷近似のパラメータ
    • APPROX_DIMER_ES (*): dimer-es 近似のパラメータ

  17. 核間反発エネルギー (1 行)

    1
    REPUL_ENERGY
    • REPUL_ENERGY (*): 核間反発エネルギー

  18. 全電子エネルギー (1 行)

    1
    ELECTRON_ENERGY
    • ELECTRON_ENERGY (*): 全電子エネルギー

  19. 全エネルギー (1 行)

    1
    WHOLE_ENERGY
    • WHOLE_ENERGY (*): 全エネルギー

  20. monomer の数 (1 行)

    1
    N_MONOMER
    • N_MONOMER (i10): monomer の数

  21. monomer 情報 (N_FRAG 分の行)

    1
    FRAG_I MONOMER_I MONOMER_REPUL MONOMER_ELECTRON MONOMER_MP2 MONOMER_MP3 MONOMER_ATOM_ORBITAL MONOMER_MOL_ORBITAL
    • FRAG_I (i10): フラグメント番号 I
    • MONOMER_REPUL (e24.15): モノマーの核間反発エネルギー
    • MONOMER_ELCTRON (e24.15): モノマーの電子エネルギー
    • MONOMER_MP2 (e24.15): モノマーの MP2 相関エネルギー
    • MONOMER_MP3 (e24.15): モノマーの MP3 相関エネルギー

  22. dimer の数 (1 行)

    1
    N_DIMER
    • N_DIMER (i10): ダイマーの数

  23. dimer (IFIE) 情報 ((N_FRAG×N_FRAG - N_FRAG)/(2!) 行)

    1
    FRAG_I FRAG_J REPUL ELECTRON ELECTROSTATIC MP2-IFIE SCS-MP2 MP3-IFIE SCS-MP3 HF-IFIE-BSSE MP2-IFIE-BSSE SCS-MP2-IFIE-BSSE MP3-IFIE-BSSE SCS-MP3-IFIE-BSSE ES_SOLV NP_SOLV EX CT DQ
    • FRAG_I (I10): フラグメント番号 I
    • FRAG_J (I10): フラグメント番号 J
    • REPUL (e24.15): IFIE の核間反発エネルギー項
    • ELECTRON (e24.15): HF-IFIE の電子エネルギー項
    • ELECTROSTATIC (e24.15): HF-IFIE の静電エネルギー項
    • MP2-IFIE (e24.15): MP2-IFIE
    • PR-MP2-IFIE (e24.15): PR-MP2-IFIE
    • SCS-MP2 (e24.15): SCS-MP2(Grimme)-IFIE
    • MP3-IFIE (e24.15): MP3-IFIE
    • SCS-MP3 (e24.15): SCS-MP3(MP2.5)-IFIE
    • HF-IFIE-BSSE (e24.15): HF-IFIE-BSSE
    • MP2-IFIE-BSSE (e24.15): MP2-IFIE-BSSE
    • SCS-MP2-IFIE-BSSE (e24.15): SCS-MP2(Grimme)-IFIE-BSSE
    • MP3-IFIE-BSSE (e24.15): MP3-IFIE-BSSE
    • SCS-MP3-IFIE-BSSE (e24.15): SCS-MP3(MP2.5)-IFIE-BSSE
    • ES_SOLV (e24.15): 溶媒による遮蔽効果の ES 項
    • NP_SOLV (e24.15): 溶媒による遮蔽効果の NP 項
    • EX (e24.15): PIEDA の EX 項
    • CT (e24.15): PIEDA の CT 項
    • DQ (e24.15): PIEDA の Δq
    • フラグメント番号 IJ は省略されているが、FRAG_I が 2〜N_FRAG まで出力される間、それぞれの FRAG_I につき FRAG_J が 1〜FRAG_I - 1 の順で出力される。

      • 例:

        1
2
3
4
5
6
7
8
        2 1
3 1
3 2
4 1
4 2
4 3
5 1
 :

  24. 三体項の数 (1 行)

    1
    N_TRIMER
    • N_TRIMER (I10): 三体項の数

  25. 三体項の値 (N_TRIMER × (N_TRIMER - 1) × (N_TRIMER - 2) / (3!) 行)

    1
    I J K HF MP2 SCS-MP2 MP3 SCS-MP3
    • I (I10): I
    • J (I10): J
    • K (I10): K
    • HF (e24.15): HF
    • MP2 (e24.15): MP2
    • SCS-MP2 (e24.15): SCS-MP2
    • MP3 (e24.15): MP3
    • SCS-MP3 (e24.15): SCS-MP3

  26. 四体項の数 (1 行)

    1
    N_TETRAMER
    • N_TETRAMER (I10): 四体項の数

  27. 四体項の値 (N_TETRAMER × (N_TETRAMER - 1) × (N_TETRAMER - 2) / (4!) 行)

    1
    I J K L HF MP2 SCS-MP2 MP3 SCS-MP3
    • I (I10): I
    • J (I10): J
    • K (I10): K
    • L (I10): L
    • HF (e24.15): HF
    • MP2 (e24.15): MP2
    • SCS-MP2 (e24.15): SCS-MP2
    • MP3 (e24.15): MP3
    • SCS-MP3 (e24.15): SCS-MP3

  28. END (1 行)

    1
    END(a3)

Open1.0 rev22 以前の checkpoint file

ABINIT-MP Open1.0 rev10～rev22 の Check Point File フォーマット Open1.0_rev10 の仕様を以下に示す。check point file の拡張子は .cpf である。

( )内は、Fortran の書式、⊔ は半角スペース 1 文字を示す。

xyz 座標の単位は Å、双極子モーメントの単位は Debye、その他は原子単位である。入力チェックの場合は、双極子モーメント の一つ前の行までが出力され、その次の行が END 行となる。

  1. バージョンおよびタイトル (1 行):

    1
    CPF Open1.0_rev10 ⊔ TITLE
    • TITLE (a1024): タイトル

  2. 系の情報 (1 行):

    1
    N_ATOM N_FRAG
    • N_ATOM (i5): 原子数
    • N_FRAG (i5): フラグメント数

  3. 原子情報 (N_ATOM 行):

    1
    ATOM_I ⊔ ELEM ⊔ ATOM_T ⊔ RES_NAME ⊔ RES_I ⊔ FRAG_I ⊔ X ⊔ Y ⊔ Z ⊔ CHA_MULL_HF ⊔ CHA_MULL_MP2 ⊔ CHA_NPA_HF ⊔ CHA_NPA_MP2 ⊔ CHA_ESP_HF ⊔ CHA_ESP_MP2 ⊔ CHAIN ⊔ INS_RES
    • ATOM_I (i5): 原子の番号
    • ELEM (a2): 元素記号
    • ATOM_T (a4): 原子タイプ
    • RES_NAME (a3): 残基名
    • RES_I (i4): 残基番号
    • FRAG_I (i4): フラグメント番号
    • X (f12.7): x 座標
    • Y (f12.7): y 座標
    • Z (f12.7): z 座標
    • CHA_MULL_HF (f12.7): Mulliken 原子電荷 (HF 密度)
    • CHA_MULL_MP2 (f12.7): Mulliken 原子電荷 (MP2 密度)
    • CHA_NPA_HF (f12.7): NPA 原子電荷 (HF 密度)
    • CHA_NPA_MP2 (f12.7): NPA 原子電荷 (MP2 密度)
    • CHA_ESP_HF (f12.7): ESP 原子電荷 (HF 密度)
    • CHA_ESP_MP2 (f12.7): ESP 原子電荷 (MP2 密度)
    • CHAIN (a1): Chain ID
    • INS_RES (a1): 残基挿入コード

  4. フラグメントの電子数 (N_FRAG / 16 + (if (N_FRAG mod 16) > 0, 1, 0) 分の行):

    1
    N_ELECTRON ...
    • N_ELECTRON (16i5):
      • フラグメントの電子数
      • N_ELECTRON が 16 を超える場合は、16 個ごとの複数行になる。

  5. 1 フラグメントに対する他フラグメントの結合数 (F_FRAG / 16 + (if (N_FRAG mod 16) > 0, 1, 0) 分の行):

    1
    N_BOND ...
    • N_BOND (16i5):
      • 結合電子を自分のフラグメントに割り当てたフラグメント間の結合の本数
      • フラグメント間結合 N_BOND が 16 を超える場合は、16 個ごとの複数行になる。

  6. フラグメント間の結合 (フラグメント間結合数 N_BOND 分の行)

    1
    BOND_I BOND_J
    • BOND_I (i5): フラグメントが結合している相手の原子の番号
    • BOND_J (i5): 相手のフラグメントと結合している原子の番号

  7. フラグメント間距離 ((N_FRAG×N_FRAG - N_FRAG)/(2!) 行)

    1
    FRAG_I FRAG_J DISTANCE
    • FRAG_I (*): フラグメント I の番号
    • FRAG_J (*): フラグメント J の番号
    • DISTANCE (*): フラグメント IJ 間の最短原子間距離
    • FRAG_I が 2〜N_FRAG まで出力される間、それぞれの FRAG_I につき FRAG_J が 1〜FRAG_I - 1 の順で出力される。

      • 例:

        1
2
3
4
5
6
7
8
        2 1
3 1
3 2
4 1
4 2
4 3
5 1
 :

  8. 双極子モーメント (N_FRAG 分の行)

    1
    DIPOLE_HF_X DIPOLE_HF_Y DIPOLE_HF_Z DIPOLE_MP2_X DIPOLE_MP2_Y DIPOLE_MP2_Z
    • DIPOLE_HF_X (*): 双極子モーメント (HF 密度) の x 成分
    • DIPOLE_HF_Y (*): 双極子モーメント (HF 密度) の y 成分
    • DIPOLE_HF_Z (*): 双極子モーメント (HF 密度) の z 成分
    • DIPOLE_MP2_X (*): 双極子モーメント (MP2 密度) の x 成分
    • DIPOLE_MP2_Y (*): 双極子モーメント (MP2 密度) の y 成分
    • DIPOLE_MP2_Z (*): 双極子モーメント (MP2 密度) の z 成分

  9. 基底関数 (1 行)

    1
    BASIS_FUNC
    • BASIS_FUNC (a12): 基底関数名

  10. 電子状態

    txt` ELECTRONIC_STATE

    • ELECTRONIC_STATE (a4): 電子状態

  11. 計算方法 (1 行)

    1
    METHOD
    • METHOD (a5): 計算方法

  12. 近似パラメータ (1 行)

    1
    APPROX_AO_POP APPROX_POINT_CHARGE APPROX_DIMER_ES
    • APPROX_AO_POP (*): AO population 近似のパラメータ
    • APPROX_POINT_CHARGE (*): 点電荷近似のパラメータ
    • APPROX_DIMER_ES (*): dimer-es 近似のパラメータ

  13. 核間反発エネルギー (1 行)

    1
    REPUL_ENERGY
    • REPUL_ENERGY (*): 核間反発エネルギー

  14. 全電子エネルギー (1 行)

    1
    ELECTRON_ENERGY
    • ELECTRON_ENERGY (*): 全電子エネルギー

  15. 全エネルギー (1 行)

    1
    WHOLE_ENERGY
    • WHOLE_ENERGY (*): 全エネルギー

  16. monomer 情報 (N_FRAG 分の行)

    1
    MONOMER_REPUL MONOMER_ELECTRON MONOMER_MP2 MONOMER_MP3 MONOMER_ATOM_ORBITAL MONOMER_MOL_ORBITAL
    • MONOMER_REPUL (e24.15): モノマーの核間反発エネルギー
    • MONOMER_ELCTRON (e24.15): モノマーの電子エネルギー
    • MONOMER_MP2 (e24.15): モノマーの MP2 相関エネルギー
    • MONOMER_MP3 (e24.15): モノマーの MP3 相関エネルギー
    • MONOMER_ATOM_ORBITAL (i12): モノマーの原子軌道数
    • MONOMER_MOL_ORBITAL (i12): モノマーの分子軌道数

  17. dimer (IFIE) 情報 ((N_FRAG×N_FRAG - N_FRAG)/(2!) 行)

    1
    REPUL ELECTRON ELECTROSTATIC MP2-IFIE SCS-MP2 MP3-IFIE SCS-MP3 HF-IFIE-BSSE MP2-IFIE-BSSE SCS-MP2-IFIE-BSSE MP3-IFIE-BSSE SCS-MP3-IFIE-BSSE ES_SOLV NP_SOLV EX CT DQ
    • REPUL (e24.15): IFIE の核間反発エネルギー項
    • ELECTRON (e24.15): HF-IFIE の電子エネルギー項
    • ELECTROSTATIC (e24.15): HF-IFIE の静電エネルギー項
    • MP2-IFIE (e24.15): MP2-IFIE
    • PR-MP2-IFIE (e24.15): PR-MP2-IFIE
    • SCS-MP2 (e24.15): SCS-MP2(Grimme)-IFIE
    • MP3-IFIE (e24.15): MP3-IFIE
    • SCS-MP3 (e24.15): SCS-MP3(MP2.5)-IFIE
    • HF-IFIE-BSSE (e24.15): HF-IFIE-BSSE
    • MP2-IFIE-BSSE (e24.15): MP2-IFIE-BSSE
    • SCS-MP2-IFIE-BSSE (e24.15): SCS-MP2(Grimme)-IFIE-BSSE
    • MP3-IFIE-BSSE (e24.15): MP3-IFIE-BSSE
    • SCS-MP3-IFIE-BSSE (e24.15): SCS-MP3(MP2.5)-IFIE-BSSE
    • ES_SOLV (e24.15): 溶媒による遮蔽効果の ES 項
    • NP_SOLV (e24.15): 溶媒による遮蔽効果の NP 項
    • EX (e24.15): PIEDA の EX 項
    • CT (e24.15): PIEDA の CT 項
    • DQ (e24.15): PIEDA の Δq
    • フラグメント番号 IJ は省略されているが、FRAG_I が 2〜N_FRAG まで出力される間、それぞれの FRAG_I につき FRAG_J が 1〜FRAG_I - 1 の順で出力される。

      • 例:

        1
2
3
4
5
6
7
8
        2 1
3 1
3 2
4 1
4 2
4 3
5 1
 :

  18. 三体項の数 (1 行)

    1
    N_TRIMER
    • N_TRIMER (I5): 三体項の数

  19. 三体項の値 (N_TRIMER × (N_TRIMER - 1) × (N_TRIMER - 2) / (3!) 行)

    1
    I J K HF MP2 SCS-MP2 MP3 SCS-MP3
    • I (I5): I
    • J (I5): J
    • K (I5): K
    • HF (e24.15): HF
    • MP2 (e24.15): MP2
    • SCS-MP2 (e24.15): SCS-MP2
    • MP3 (e24.15): MP3
    • SCS-MP3 (e24.15): SCS-MP3

  20. 四体項の数 (1 行)

    1
    N_TETRAMER
    • N_TETRAMER (I5): 四体項の数

  21. 四体項の値 (N_TETRAMER × (N_TETRAMER - 1) × (N_TETRAMER - 2) / (4!) 行)

    1
    I J K L HF MP2 SCS-MP2 MP3 SCS-MP3
    • I (I5): I
    • J (I5): J
    • K (I5): K
    • L (I5): L
    • HF (e24.15): HF
    • MP2 (e24.15): MP2
    • SCS-MP2 (e24.15): SCS-MP2
    • MP3 (e24.15): MP3
    • SCS-MP3 (e24.15): SCS-MP3

  22. END (1 行)

    1
    END(a3)