FAQ

ABINIT-MP に関する質問

ABINIT-MP のコマンドがわからないのですが。

複数のフラグメントが勝手にマージされてしまうのですが。

ABINIT-MPでは、イオン (Na⁺、Ca²⁺ など) から一定の距離以内に存在するフラグメントを自動的にマージする機能が入っています。この距離は、&FMOCNTRL ネームリストの Rsolv で制御します。
例えば、Na⁺ イオン周辺のフラグメントをマージしたくない場合は、Rsolv='NA=0.0' のように指定することで、Na⁺ イオン周辺ではフラグメントがマージされなくなります。

“Invalid number of electrons Fragment No. X” というエラーが出て計算が失敗します。

このエラーは、フラグメント X (X はフラグメント番号) の電子数が奇数の場合に表示されます。
この場合、以下の原因が挙げられますので、これらを確認してみてください。

フラグメント構造に対し、水素、プロトンの付加が上手くできていない。
フラグメントの電荷が合っていない。
フラグメント分割の際に、誤った BDA および BAA を設定している。

“INPUT ERROR!” で計算が失敗します。

このエラーは、.ajf ファイルの記述方法に問題がある時に表示されます。
.ajf ファイルの見直しや、mkinp.py を通して、足りない設定値を補完してください。

“!!! Invalid data !!!” と表示されます。

フラグメントを構成する原子間結合が長すぎるなどの構造に明らかな問題がある場合に表示されるエラーです。
例えば、以下のようなエラーの詳細が出た場合、A 鎖の Lys61 を構成する N-H 結合の距離が長すぎることが原因であることを示しています。ABINIT-MP では、この結合長の閾値は 1.1 Å に設定されています。


!!! Invalid data !!!A 61 LYS
O: 1
H: 15
H(N): 1

エラーメッセージ “ERROR: CORE IS NOT ENOUGH FOR MP2 ENERGY CALCULATION.” は何を意味しますか？

MP2計算のためのメモリーが足りていない場合に表示されます。
対処方法は以下のとおりです。

メモリ指定を大きくする。
大きいフラグメント (主にリガンド) を小さくする。
基底関数を小さくする。

一部の原子 (Ca、H (HG)) が誤った原子として認識されます。

ATOM 行の場合には原子名の最初の 1 文字、HETATM 行の場合には原子名の最初の 1〜2 文字が周期律表に存在する元素名になるように修正してください。
また、残基名は左寄せになるようにしてください。左端にスペースを含む残基名があるとうまく認識できない可能性があります。

“Atom No. XX Atom type (YYY) is not supprted” というエラーが出ました。

周期律表に乗っていない元素が構造に含まれている場合に表示されるエラーです。

この場合、以下の対応を行ってみてください。
PDB で原子の通し番号が XX の原子について、ATOM 行の場合には原子名の最初の 1 文字、HETATM 行の場合には原子名の最初の 1〜2 文字が周期律表に存在する元素かを確認し、存在しない元素であれば修正してください (場合によっては構造モデリングの作業も必要です)。
例: 以下のメッセージでは 874 番目の原子の元素 UNK が周期律表に含まれる元素に対応していないことを示しています。


ERROR: Atom No. 874 Atom type UNK is not supprted (read_pdb).
!!! Invalid data (read_pdb) !!!
ATOM 875 UNK UNX A1001 6.238 21.395 -2.296 1.00 0.00 LP

“ERROR: Overlap matrix is not positve definite” のエラーは何を意味していますか？

このエラーは、Zn 等の重い元素が構造に含まれており、6-31G* 基底関数を指定した際に f 積分が必要な場合に表示されます。
この場合、f 積分に対応した ABINIT-MPのバイナリを指定するか、基底関数を 6-31G に落とすことで計算が可能になります。

“BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES” というエラーが出ました。

Intel ライブラリ関連のエラーになります。
ABINIT-MP をコンパイルした方や、開発者、あるいは掲示板へのご相談、報告をお願いいたします。

“ERROR: Memory full. MaxCore = ...” というエラーが出てすぐ終了してしまいます。

系の大きさに対してメモリが足りていない場合に表示されます。
可能な範囲で、原子数および分子数を減らして試してみてください。
一般的な生体高分子 (＋水分子) ですと、約 10,000 フラグメントを越えると、このエラーが出るようです。

計算が失敗しますが、原因が分かりません。

FMO 計算が異常終了した理由がわからない場合には、エラーメッセージを検出するスクリプトをご利用ください。

FMODBに関する質問

FMO Databaseへデータを登録するにはどうすれば良いですか？

「FMO Databaseへのデータ登録手順」を参考にしてください。

FMODB へのデータ登録手順にある abinitmp_status.py はどこにあるのでしょうか？

2021年度のデータ登録から、abinitmp_status.py は fmodb_register.py
に統合され、abinitmp_status.py の実行は不要になりました。

その他

FAQ にない質問を開発者にしたいのですが。

「FMO 創薬コンソーシアムメンバー専用掲示板」をご利用ください。