研究成果

世界初のタンパク質の量子化学計算データベース「FMOデータベース」

 FMODDではこれまでの活動で得られた数千構造のFMO計算結果の蓄積を目的としたデータベース、「FMOデータベース (FMODB)」を開発しました。FMODBはインターネット経由でアクセス可能であり、FMOデータにアクセスするための簡便なインターフェースを提供しております。検索や基本的な相互作用エネルギー解析、FMO計算結果の入出力ファイルの全データのダウンロードが可能です。
FMO法では、フラグメント間相互作用エネルギー (IFIE)(またはPIEとも呼ばれます)やそのエネルギー成分分割 (PIEDA)を用いて、分子力場では評価が難しいカチオン-π、CH/πおよびπ-π相互作用やハロゲン結合等のエネルギーを精密に計算することができます。FMO計算によって得られる相互作用に関する豊富な情報は他分野の研究者にとっても有用です。一方で入力構造の前処理、FMO計算設定、パラメータ調整や結果分析は、専門ではない研究者には困難です。そこでFMODBは、誰でも簡単にFMO計算結果を活用できるように研究成果をデータベース化しています。
また、近年ビッグデータを用いたAI構築研究が盛んになっており、IFIE、PIEやPIEDA等のエネルギー値はタンパク質-リガンド間相互作用分析のための統計的アプローチの記述子として使用される可能性があります。これらの目的に計算済みのFMOデータ蓄積が役立つと期待できます。さらに、FMO計算に基づく精密な原子電荷などのパラメータとAIを利用することで、量子化学計算レベルの高精度分子力場の構築を目指しています。

FMOデータベース

 

2年連続で「京」利用課題の優秀成果賞を受賞

 「京」を中核とするHPCIシステム利用課題のうち、特に顕著な成果を達成した課題に与えられる優秀成果賞を2年連続で受賞しました。FMODDの活動は、日本発の理論に基づき、日本のスーパーコンピュータを駆使した成果として高い評価を得ています。


「HPCIを活用したFMO創薬プラットフォームの構築」(課題番号: hp160103, hp170183)

 

平成29年度「京」利用課題の優秀成果賞を受賞しました。

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「京」を中核とするHPCI利用研究課題成果事例集が公開されました。

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平成28年度「京」利用課題の優秀成果賞を受賞しました。

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