投稿記事 by chiduru » 2022年11月25日(金) 18:36
fragment.distは、フラグメント間距離情報が出力されたファイルになります。
fragment_pair_rminとrvdwの距離の定義と、その関係について説明します。
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■ fragment_pair_rmin
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フラグメントi,j間の最近接原子ペアI,Jの原子間距離[単位：Å]が出力されています。
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■ rvdw
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フラグメントi,j間の最近接原子ペアI,Jに対して、以下の式から導出されて出力されています。
rvdw=(I原子の元素のvdW半径+J原子の元素のvdW半径)[単位：bohr]
（例）
H-C：(1.2[Å]+1.5[Å]) / 0.52917720859[Å/bohr] = 5.102260558791237[bohr] C-C：(1.5[Å]+1.5[Å]) / 0.52917720859[Å/bohr] = 5.669178398656929[bohr] C-O：(1.5[Å]+1.4[Å]) / 0.52917720859[Å/bohr] = 5.102260558791237[bohr]
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■ fragment_pair_rminとrvdwの関係について
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rvdwの距離に対してajfで指定されたLdimer, Lptc, Laocで指定された数値の掛け算した値が、fragment_pair_rminよりも小さいか、大きいかでそれぞれの近似が適用されるかどうか決まります。
