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2023年4月28日 5:22 AM
#3013
k-okuwakiキーマスター
by sugiura_kowa » 2023年2月02日(木) 15:44
富岳のABINIT-MPを使ったFMO計算がうまくできないので、ご相談させてください。
テストとして、FMODB収載のPDB ID: 1BL6（FMODB ID: X17ZX）について実施しました。
pdbファイルはFMODBからダウンロードしたものを使用し、
ajfとshファイルはスタートアップ講習会の資料を参考に作成しました。
当構造は347個のフラグメントに分割されましたが、ダイマーの電子密度計算である
347番目のリガンドとアミノ酸間の計算で時間切れ（50時間に設定）になってしまいました。
各ファイルを添付しますので、どこを直したら良いか教えていただけないでしょうか。
もう一点、ログファイルの出力先についてご質問です。
講習会のときにはpdbなどと同じ階層に出力されましたが、今回、
output.19714134 （数字は毎回違う）というフォルダが生成され、さらにその下階層の/0/1/に
stdout.1.0 というファイルで出力されました。
添付のJ1bl6.sh.19714134.out に上記に関する警告が出ています。
何かのバージョンが当時と変わったことによって、shの書き方も変える必要があるのでしょうか？
色々と原因が不明のため、添付ファイルをご確認いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。