投稿記事 by t-ohyama » 2022年10月25日(火) 17:55
MD 計算での最適化の話ですよね？
ログファイル内の指摘にもあるように、MD 前の最適化は、あくまで異常な構造を MD 計算前に緩和する目的で用います。例えば、原子間距離が異常に近いまま MD をすると、反発エネルギーを駆動力とした離れる運動が現れます (実行者が意図していない挙動)。これを回避するために、事前に最適化をするわけです。
公式の FAQ でも公開されています。
最終的に MD の結果が得られているのであれば、特に問題はないはずです。MD のログファイルに異常なエネルギー値があったり、トラジェクトリで怪しい挙動があれば、見直す必要はありますが。
最適化のしきい値に到達していない問題が気になる場合、解決方法としては、この記事 が参考になります。翻訳すると
- emstep の値を小さくする。
- 別の最適化アルゴリズムを適用する。
- 倍精度の Gromacs バイナリを利用する。
- より大きなボックスを利用する。
- 力場を確認する。
が解決方法のようです。
