[k-okuwaki]

投稿記事 by ymori » 2022年10月26日(水) 17:03

大山先生の述べていただいた通りで大丈夫かと思いますが，私からも補助的にコメントさせていただきます。

今回のエラーの原因は，Gromacs計算の一部分が単精度での計算であるためだと考えられます。
先日の会議で言われていたように別の最適化アルゴリズムを利用することも候補に挙がっていたかと思いますが，
今回のようにMDで使用される前提であればそこまでする必要はないと思います。
気持ち悪いのであれば解決方法にもあるように倍精度のGromacsを利用することも考えられます（たぶん解決すると思いますが，コンパイルを改めてする必要があります）。

基本的には最後にでてきた構造でMDを行えば大丈夫だと思います（その後のMDでエラーが出なければ）。