スライド 17 (AmberTools によるリガンドの力場作製) に関する指摘
by t-ohyama » 2022年11月11日(金) 18:12
ある受講者からメールで指摘があったため、この場をお借りして訂正させていただきます。
資料では
“antechamber -i 1H8_resp_HF631Gd.out -fi gout -o 1H8.mol2 -fo mol2 -rn 1H8 -nc 1”
となっていましたが、この方法では「-c resp」が足りないため、mol2ファイルにresp電荷が書き出されず、電荷が0.000000になってしまうように思います。
このご指摘、まさにその通りで、私の方で完全に失念しておりました。
FMODD の HP にある夏の学校およびスタートアップ講習会のページに
修正版をアップロードしておきます。
