加熱シミュレーションの .mdp ファイルの不具合
Gromacs のチュートリアルを担当させていただいた大山です。
これらの講習会で配布した .mdp ファイルに不具合があると
先日、学生さんからご指摘を受けました。
問題のあったのは “03_md-heat.mdp” になります。
この中の “gen-temp = 310.15” は系全体の初期速度を
310.15 K の Maxwell 分布に基づいて発生させるというものです。
この設定と温度を制御する “annealing” は競合し、
最終的には annealing が優先されますが、
下の図にあるように、初期温度が gen-temp のものになってしまうため、
厳密な 0 K からのシミュレーションではなくなってしまします。
また、Gromacs の最新版ですと、.mdp 内の設定名の中に
ハイフン、あるいはアンダーバーがあるもの (例: “gen-temp” あるいは “gen_temp”) は、
ハイフンに統一され、”gmx grompp” あたりで warning が出てしまうという話があります。
したがって、もし、Gromacs で MD をされる場合は、
以前の .mdp ファイルではなく、こちらに添付の
.mdp ファイルをご参照ください。
ご不便をおかけますこと、深くお詫び申し上げます。
