[渡邉千鶴]

中村先生

置いて頂いたPDBファイルを確認したのですが、エラーの原因はどれも一緒で、A鎖のN末端にあるACE 693の構造が既定と異なるためかと思います。

 

現在計算を流されている下記のPDBファイルも同様なのですが（これも多分エラーで落ちるのではないかと思います）、PDBの先頭のACEの構造がCOO-になってます。

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fugaku:/data/hp190133/users/u12740/4wkq/4wkq_optforFMO_tether05_3.pdb

ATOM 1 C ACE A 693 16.742 216.155 51.169 1.00 0.00 C
ATOM 2 O ACE A 693 17.611 215.698 50.393 1.00 0.00 O
ATOM 3 O ACE A 693 17.000 216.455 52.334 1.00 0.00 O1-
ATOM 4 N ALA A 694 15.538 216.263 50.657 1.00 50.95 N
ATOM 5 CA ALA A 694 14.386 216.765 51.468 1.00 43.81 C
ATOM 6 C ALA A 694 13.036 216.837 50.734 1.00 37.00 C
ATOM 7 O ALA A 694 12.042 216.989 51.404 1.00 36.14 O
ATOM 8 CB ALA A 694 14.659 218.171 52.064 1.00 48.10 C

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ACEならば、原子構成はCH3CO[原子名：’HH31′,’CH3′,’HH32′,’HH33′,’C’,’O’]となるかと思います。

ACEが既定の原子構成と違うため、AUTOMATIC FRAFMENTATION（フラグメントの自動分割）で、PDBのACEの構成原子がABNIT-MPで持っているACEの情報と違うため、電子（電荷）の不整合が起きてInvalid number of fragment electronsとして、フラグメント１番目でエラーが出ているのだと思います。

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Frag. Elec. ATOM
1 -1
Invalid number of fragment electrons
Fragment No. 1

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そのため、元のMOEファイルに戻ってA鎖 ACE693の構造を修正し、PDBを別途保存して計算流し直して頂くのが良いかと思います。

 

ご検討ください。

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[渡邉千鶴]

吉村様

掲示板の確認が遅れて済みませんでした。

ReadSCCオプションにファイルを指定すれば良いだけなのですが、未解決状態でしたら、可能でしたら上記のファイルの置いてあるディレクトリパスを教えいただけますでしょうか？

もしくは、メールでajf, pdb, sccファイル一式をお送り頂く形でも良いです。

[渡邉千鶴]

中村先生

もしよろしければ、ファイル一式が置いてある富岳のディレクトリとファイルパスをお教えください。

ajf、pdb、logファイルなど確認することで修正方法や、エラーの原因についてもう少しコメントできる可能性があります。

[渡邉千鶴]

中村先生

もしよろしければ、ファイル一式が置いてある富岳のディレクトリとファイルパスをお教えください。

ajf、pdb、logファイルなど確認することで修正方法や、エラーの原因についてもう少しコメントできる可能性があります。

[渡邉千鶴]

中村先生

もしよろしければ、ファイル一式が置いてある富岳のディレクトリとファイルパスをお教えください。

ajf、pdb、logファイルなど確認することで修正方法や、エラーの原因についてもう少しコメントできる可能性があります。

[渡邉千鶴]

藤原様

ご連絡どうもありがとうございます。

気が付くのが遅くて申し訳なかったのですが、別の分子モデリングソフトがあるということなので、そちらで試して頂ければと思います。

また何か、ご不明な点がございましたら、お気軽にご相談下さい。

[渡邉千鶴]

藤原様

ご質問の内容についてですが、以下のような状況です。

>MOEやその他のABINIT-MPやBioStation Viewerといったソフトは無償で使えるものではなく、使用許可を経てライセンスを頂けないと使えないソフトなのでしょうか。

1. ABINIT-MPはFMODDコンソーシアムに参加されている方であれば、利用規約に準拠して頂ければ無償で富岳上で使用することが出来ます。使用するためには、富岳のアカウント申請が必要です。
   また、富岳を利用した結果を成果発表する際には、必ず下記をご参考に謝辞を入れてください。
   謝辞：https://fmodd.jp/memberpage/acknowledgement/
2. BioStation Viewerもダウンロードの無償で利用することが出来ます。こちらはWindowsマシン用のGUIなので、メンバーページ（https://fmodd.jp/memberpage/）の安定版、もしくは無償版をご利用ください。
   ※HPの左側にある「BioStation Viewerダウンロードページ」からだと一部機能制限のあるLight版がダウンロードされてしまうので注意してください。
3. MOEは有償ソフトでモルシス社さんから研究室単位で購入する必要があるソフトウェアになります。上記のFMOeはMOEを購入されたうえで、使用することが出来ます。

 

>まだFMODDにアップされている資料の全てに目を通し切れていないので、具体的な手順を理解しきれておりません。

まずは、2023のスタートアップ講習会（https://fmodd.jp/memberpage/tutorial/）の資料に目を通して頂くのがいいかと思います。

FMO計算のための構造の前処理から、FMO計算の実行、解析までの一通りの手順が書かれています。

ただ、もし、MOEをお持ちでない場合には、構造の前処理をMOEの代わりに実行する方法としては、GROMACSで構造最適化するところまでを利用するなどの代替え手段が必要になるかと思います。※この場合は、Zoomか何かで一度相談したほうが良いかもです。

 

取り急ぎ以上です。ご不明な点がございましたら、再度ご質問頂ければと思います。

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[渡邉千鶴]

AO数（Znフラグメント(#431)：267, リガンドフラグメント(#432): 377）が少し多く、Dimerだと600超えるのでメモリ、リソース不足か何かで計算が落ちているのだと思います。うまくいくかまだ分かりませんが、shファイルとajfの設定を変えて試してみるので、少しお時間下さい。

[渡邉千鶴]

基本的には、下記のようになります。
（１）ダイマー計算結果のリスタートファイルを書き出すディレクト（dimer_dir）の作成
（２）初回のリスタートファイル保存する際のajfファイルのFMOCNTRLネームリストに以下のオプションを追記してください。

——————————————————————–
&FMOCNTRL
Write_SCC=’sample.monomer_scc’ ! モノマーSCC用のリスタートファイル
Write_monomer_mp2=’sample.monomer_mp2′ ! モノマーMP2用のリスタートファイル
Write_dimer_es=’sample.dimer_es’ ! ダイマーES用のリスタートファイル
Dimer_dir=’dimer_dir’ ! ダイマー計算の結果を保存するディレクトリ
Write_dimer=’YES’ ! ダイマー計算結果の書き出し
/
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（３）2回目以降のリスタートファイルを読み込みながら計算を続ける際のajfファイルのFMOCNTRLネームリストに以下のオプションを追記してください。
（２）及びリスタート計算で途中で計算時間が来たものでリスタートファイルが書き出されたものはReadに変更します。
※MonomerSCCしか書き出されていなければ、それ以外はWriteのままで計算実行すれば良いです。

——————————————————————–

&FMOCNTRL
ReadSCC=’sample.monomer_scc’ ! モノマーSCC用のリスタートファイル
Read_monomer_mp2=’sample.monomer_mp2′ ! モノマーMP2用のリスタートファイル
Read_dimer_es=’sample.dimer_es’ ! ダイマーES用のリスタートファイル
Dimer_dir=’dimer_dir’ ! ダイマー計算の結果を保存するディレクトリ
Read_dimer=’YES’ ! ダイマー計算結果の読み込み
/

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• この返信は1年、 2ヶ月前に渡邉千鶴が編集しました。
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[渡邉千鶴]

吉村様、どうもありがとうございました。エラー出ても無視でいいということですね。

[投稿者]

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