フォーラムへの返信
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宮川様
分かりやすいご説明どうもありがとうございます。
AMBERで使用していた設定をgromacsように1 kcal mol − 1 = 4.184 kJ mol − 1で換算したということですね。
そうすると(済みませんnm-2とÅ-2の単位修正忘れていたので修正します)、
position restraints: 41840 (kJ mol-1 nm-1) -> 10000 (kcal mol-1 nm-1)position restraint: 1255 (kJ mol-1 nm-1) -> 300 (kcal mol-1 nm-1)position restraints: 837 (kJ mol-1 nm-1) -> 200 (kcal mol-1 nm-1)position restraints: 418 (kJ mol-1 nm-1) -> 100 (kcal mol-1 nm-1)- position restraints: 41840 (kJ mol-1 nm-2) -> 100 (kcal mol-1 Å-2)
- position restraint: 1255 (kJ mol-1 nm-2) -> 3 (kcal mol-1 Å-2)
- position restraints: 837 (kJ mol-1 nm-2) -> 2 (kcal mol-1 Å-2)
- position restraints: 418 (kJ mol-1 nm-2) -> 1 (kcal mol-1 Å-2)
ということなので、確かにキリよくわかりやすい数値になりました。
これなら、特に設定については、参考文献無くてもAMBERで良く利用計算条件をGROMACSに適用したとか何とかで、説明できると思うので大丈夫です。
お教えいただき、どうもありがとうございました。
宮川様、森先生
いつもお世話になっております、理研の渡邉千鶴です。
ご共有いただきましたGROMACSの拘束条件に関して質問がございます。
（もしかしたら、元になったと思われる夏の学校の資料を作成された森先生にお答えいただくのがいいかも？）
ご共有いただいたGROMACSの資料では、構造最適化、昇温過程、密度緩和過程で、拘束条件をかける際にposition restraint(kJ mol-1 nm-1)に以下のような値が使用されております。
構造最適化時の拘束条件（min1～min2.mdp）
- position restraints:41840
昇温過程の拘束条件（nvt1.mdp）
- position restraint:1255
密度緩和時の拘束条件（npt1～npt3.mdp）
- position restraint:1255
- position restraints:837
- position restraints:418
絶妙な数値になっているのですが、この値を指定するにあたって参考文献などございますでしょうか？position restraintの値だけに限らず、こちらのMD計算条件に関する参考文献があれば、論文作成の際に引用したいのですが。
もし、上記の質問、既にどこかで回答済みであればすみません。
お忙しいところ恐縮ですが、もしあれば、お教えいただきたくお願い申し上げます。
どうぞよろしくお願いいたします。
富岳のデータ領域の利用方法について
スタートアップ講習会や、全体会議などでアナウンスしておりますが、富岳のデータ領域の利用方法について、FMODDコンソーシアム内のルールを以下に記載させて頂きます。
１．各ユーザーが利用可能なデータ領域の作業ディレクトリ
富岳を用いたFMO計算やMD計算を実行する際は、各自以下のデータ領域内の個人ディレクトリを作成して頂き、その中で作業をお願いします。
データ領域内の個人ディレクトリ
/vol0303/data/hp190133/users/(自分のUser ID)
※このディレクトリのパーミッションは、FMODBへのデータ登録の観点から[drwxr-xr-x]（パーミッション数字表記: 755）に設定してください。
２．データ領域内の個人ディレクトリ利用に関する注意点
150名以上のメンバーが所属する課題のため、以下の二点について、ご協力どうぞよろしくお願いいたします。
- 上記のデータ領域内の個人ディレクトリの使用上限の容量は2TBとします。もし、2TB以上使用したい場合には、指導教官の先生、阪大・福澤先生、九大・加藤先生、理研・渡邉までご連絡ください。
- 上記のデータ領域内の個人ディレクトリ以外の場所に、ファイルやディレクトリを作成することは、円滑なデータ管理の観点から禁止致します。
中村先生
置いて頂いたPDBファイルを確認したのですが、エラーの原因はどれも一緒で、A鎖のN末端にあるACE 693の構造が既定と異なるためかと思います。
現在計算を流されている下記のPDBファイルも同様なのですが（これも多分エラーで落ちるのではないかと思います）、PDBの先頭のACEの構造がCOO-になってます。
————————————————————————————-
fugaku:/data/hp190133/users/u12740/4wkq/4wkq_optforFMO_tether05_3.pdb
ATOM 1 C ACE A 693 16.742 216.155 51.169 1.00 0.00 C
ATOM 2 O ACE A 693 17.611 215.698 50.393 1.00 0.00 O
ATOM 3 O ACE A 693 17.000 216.455 52.334 1.00 0.00 O1-
ATOM 4 N ALA A 694 15.538 216.263 50.657 1.00 50.95 N
ATOM 5 CA ALA A 694 14.386 216.765 51.468 1.00 43.81 C
ATOM 6 C ALA A 694 13.036 216.837 50.734 1.00 37.00 C
ATOM 7 O ALA A 694 12.042 216.989 51.404 1.00 36.14 O
ATOM 8 CB ALA A 694 14.659 218.171 52.064 1.00 48.10 C————————————————————————————-
ACEならば、原子構成はCH3CO[原子名：’HH31′,’CH3′,’HH32′,’HH33′,’C’,’O’]となるかと思います。
ACEが既定の原子構成と違うため、AUTOMATIC FRAFMENTATION（フラグメントの自動分割）で、PDBのACEの構成原子がABNIT-MPで持っているACEの情報と違うため、電子（電荷）の不整合が起きてInvalid number of fragment electronsとして、フラグメント１番目でエラーが出ているのだと思います。
———————————-
Frag. Elec. ATOM
1 -1
Invalid number of fragment electrons
Fragment No. 1———————————-
そのため、元のMOEファイルに戻ってA鎖 ACE693の構造を修正し、PDBを別途保存して計算流し直して頂くのが良いかと思います。
ご検討ください。
藤原様
ご質問の内容についてですが、以下のような状況です。
>MOEやその他のABINIT-MPやBioStation Viewerといったソフトは無償で使えるものではなく、使用許可を経てライセンスを頂けないと使えないソフトなのでしょうか。
- ABINIT-MPはFMODDコンソーシアムに参加されている方であれば、利用規約に準拠して頂ければ無償で富岳上で使用することが出来ます。使用するためには、富岳のアカウント申請が必要です。
また、富岳を利用した結果を成果発表する際には、必ず下記をご参考に謝辞を入れてください。
謝辞：https://fmodd.jp/memberpage/acknowledgement/ - BioStation Viewerもダウンロードの無償で利用することが出来ます。こちらはWindowsマシン用のGUIなので、メンバーページ（https://fmodd.jp/memberpage/）の安定版、もしくは無償版をご利用ください。
※HPの左側にある「BioStation Viewerダウンロードページ」からだと一部機能制限のあるLight版がダウンロードされてしまうので注意してください。 - MOEは有償ソフトでモルシス社さんから研究室単位で購入する必要があるソフトウェアになります。上記のFMOeはMOEを購入されたうえで、使用することが出来ます。
>まだFMODDにアップされている資料の全てに目を通し切れていないので、具体的な手順を理解しきれておりません。
まずは、2023のスタートアップ講習会（https://fmodd.jp/memberpage/tutorial/）の資料に目を通して頂くのがいいかと思います。
FMO計算のための構造の前処理から、FMO計算の実行、解析までの一通りの手順が書かれています。
ただ、もし、MOEをお持ちでない場合には、構造の前処理をMOEの代わりに実行する方法としては、GROMACSで構造最適化するところまでを利用するなどの代替え手段が必要になるかと思います。※この場合は、Zoomか何かで一度相談したほうが良いかもです。
取り急ぎ以上です。ご不明な点がございましたら、再度ご質問頂ければと思います。
基本的には、下記のようになります。
（１）ダイマー計算結果のリスタートファイルを書き出すディレクト（dimer_dir）の作成
（２）初回のリスタートファイル保存する際のajfファイルのFMOCNTRLネームリストに以下のオプションを追記してください。——————————————————————–
&FMOCNTRL
Write_SCC=’sample.monomer_scc’ ! モノマーSCC用のリスタートファイル
Write_monomer_mp2=’sample.monomer_mp2′ ! モノマーMP2用のリスタートファイル
Write_dimer_es=’sample.dimer_es’ ! ダイマーES用のリスタートファイル
Dimer_dir=’dimer_dir’ ! ダイマー計算の結果を保存するディレクトリ
Write_dimer=’YES’ ! ダイマー計算結果の書き出し
/
——————————————————————–（３）2回目以降のリスタートファイルを読み込みながら計算を続ける際のajfファイルのFMOCNTRLネームリストに以下のオプションを追記してください。
（２）及びリスタート計算で途中で計算時間が来たものでリスタートファイルが書き出されたものはReadに変更します。
※MonomerSCCしか書き出されていなければ、それ以外はWriteのままで計算実行すれば良いです。——————————————————————–
&FMOCNTRL
ReadSCC=’sample.monomer_scc’ ! モノマーSCC用のリスタートファイル
Read_monomer_mp2=’sample.monomer_mp2′ ! モノマーMP2用のリスタートファイル
Read_dimer_es=’sample.dimer_es’ ! ダイマーES用のリスタートファイル
Dimer_dir=’dimer_dir’ ! ダイマー計算の結果を保存するディレクトリ
Read_dimer=’YES’ ! ダイマー計算結果の読み込み
/——————————————————————–
