[Itaru-Takeda]

大山先生

大変失礼いたしました。

親ディレクトリのu12256のパーミッションが770のままでした。

775に修正し、読み取りと実行の権限があることを確認いたしました。

よろしくお願いいたします。

[Itaru-Takeda]

大山先生

確認が遅れてしまい、申し訳ございません。

ご回答ありがとうございました。

LigandChargeの記述は合っていそうとのこと承知いたしました。

Invalid number of fragment electrons
Fragment No. 256

のエラーにつきまして、教えていただいたマニュアル等も参照して対応してみます。

今後ともよろしくお願いいたします。

[Itaru-Takeda]

大山先生

早速ご回答いただきましてありがとうございます。
ご指摘の通り、CAをはじめとして周期表で他の原子を意味するような原子名を修正したところイオンとして認識されるメッセージは出なくなりました。

続けての質問で恐縮なのですが、
Invalid number of fragment electrons
Fragment No. 256
のメッセージにつきまして、256番フラグメント（CSD）のスルフィン酸部の水素原子が外れているため、LigandChargeにCSD=-1を入れているのですがこの設定は適切でしょうか。
フラグメントの分割については他のアミノ酸と同様の箇所で分割が行われておりました。

また、フラグメントの手動分割やファイルの権限についても教えていただきありがとうございました。
ファイルの権限はすべて775に変更いたしました。

よろしくお願い申し上げます。

[投稿者]

投稿