フォーラムへの返信

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  • 返信先: MD計算条件について #4245
    Shuhei Miyakawa
    参加者

    渡邉様

    お世話になっております。宮川です。

    もともとAMBERを使用していた際、AMBERでは確かkcalが使われていたため、単位変換をした結果絶妙な値になっているのだと思います。

    そのため、参考文献等は特になかったような気がします…。

    個人的には、

    ・kcalに直して記載する。FMOを使用している場合kcalの記載が多くなるので、表現の統一という点において利点はありますが、gromacs userからは違和感を持たせてしまうかもしれません。

    もしくは、

    ・特に値に言及せずに、「徐々に拘束を解いて」のように記載する。

    でもいいのではないかと思います。

    返信先: MD計算条件について #3295
    Shuhei Miyakawa
    参加者

    皆様
    お世話になっております。星薬科大学6年の宮川柊兵です。

    本日(6/5)のFMODB会議で話し合われた、

    ・h-bond拘束について

    ・MD後の処理

    を追加した資料を共有させていただきます。

    よろしくお願いいたします。

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    返信先: MD計算条件について #3237
    Shuhei Miyakawa
    参加者

    皆様
    お世話になっております。星薬科大学6年の宮川柊兵です。

     

    資料の添付ができていなかったようです。申し訳ございません。

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