[SuzuItami]

吉村様

 

ご返信ありがとうございます。

教えていただいた方法で計算がかかりました。

ありがとうございました。

 

伊丹

[SuzuItami]

奥脇様

ご返信ありがとうございました。
送っていただいた方法でエラーを解決することができました。

本当にありがとうございました。

伊丹

[SuzuItami]

ご返信ありがとうございます。

以前に実行したものを延長して実行した系と、今回新しく実行した系の両方で同じエラーが出ています。

ジョブファイルや実行したコマンドの中身は.shファイルでよろしいでしょうか。
ファイルの添付ができなかったので、下に”4x_2f_step2.sh”を記載します。
何もわかっておらずすみません。
他に必要な情報があれば、指定お願いいたします。

.shの中でgmx_mpiを指定しているのですが、そちらが実行されていないようです。

#!/bin/bash

#——- pjsub option ——-#
#PJM -N “MD”
#PJM -L “rscgrp=small”
#PJM -L “node=8”
#PJM –mpi “proc=64,max-proc-per-node=8”
#PJM -L “elapse=36:00:00″
#PJM -g hp190133
#PJM -j
#PJM -x PJM_LLIO_GFSCACHE=/vol0004

source /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh
spack load gromacs@2021.5

unset OMP_NUM_THREADS
NTOMP=6

proname=4x_2f
OPTION=”-stdout-proc ./output.%j/stdout -stderr-proc ./output.%j/stderr”

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_min1.mdp -c ${proname}_cpx_solv.gro -r ${proname}_cpx_solv.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_min1.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_min1

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_min2.mdp -c ${proname}_min1.gro -r ${proname}_min1.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_min2.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_min2

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_min3.mdp -c ${proname}_min2.gro -r ${proname}_min2.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_min3.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_min3

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_nvt1.mdp -c ${proname}_min3.gro -r ${proname}_min3.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_nvt1.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_nvt1

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_npt1.mdp -c ${proname}_nvt1.gro -r ${proname}_nvt1.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_npt1.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_npt1

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_npt2.mdp -c ${proname}_npt1.gro -r ${proname}_npt1.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_npt2.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_npt2

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_npt3.mdp -c ${proname}_npt2.gro -r ${proname}_npt2.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_npt3.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_npt3

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_npt4.mdp -c ${proname}_npt3.gro -r ${proname}_npt3.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_npt4.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_npt4

mpiexec ${OPTION} -n 1 gmx_mpi grompp -f ${proname}_pr.mdp -c ${proname}_npt4.gro -r ${proname}_npt4.gro -p ${proname}_cpx_solv.top -o ${proname}_pr.tpr -maxwarn 500000
mpiexec ${OPTION} gmx_mpi mdrun -ntomp ${NTOMP} -deffnm ${proname}_pr

[SuzuItami]

大山様

 

ご回答頂きありがとうございました。

今後の参考にさせて頂きます。

 

伊丹

[SuzuItami]

星薬科大学

宮川様

 

お世話になっております。

近畿大学大学院 修士1年の伊丹すずです。

 

構造最適化について質問があります。

宮川さんが共有して下さった”min1-3.mdp”はemtol=0.04184となっていますが、

なぜこの値に設定しているのかを教えて頂けないでしょうか。

近畿大学の先輩方はemtol=1000で設定されており、またGromacsのデフォルトは10に設定されているかと思います。

また、近畿大学薬学部の先生は「最適化でエネルギーを安定にしすぎると、このあと後の平衡化で構造が動かなさすぎて時間がかかる」と仰っていました。

0.04184では安定化されすぎてこのあとの平衡化過程に時間がかかるようなことはないのでしょうか？

 

もし、会議等で既に言及されていた内容であれば申し訳ございません。

お忙しい中恐縮ですが、ご返信頂けましたら幸いです。

 

伊丹

 

 

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