[t_nakamura]

大山様、渡邉様

その後、両末端のACE、NMEとさらにその隣の1残基ずつを削り、各末端をNH3+とCOO－にして、リガンドの電荷や結合状態に気を付けて計算したところ、無事に計算が開始され、エラーなく結果が出ました。

色々とお騒がせしました。

ご協力をいただき、ありがとうございました。

 

[t_nakamura]

大山様

お気遣いいただきありがとうございます。お言葉に甘えて、また何かトラブルがありましたら相談いたします。同じ問題に関しては研究室のメンバーと共有したいと思います。

渡邉様

具体的なコメントをいただき、誠にありがとうございます。

MOEのもともとの構造では、C末端とN末端をアセチル基（CH3CO）でキャップした構造（ACE, NME）だったのですが、2回目のスタートアップ講座の資料で

ACEだとFMO計算の際に自動フラグメント分割ができないため、COOH or COO-に修正する必要がある

と書かれていたので、末端をCOO-にしました。残基名も変える必要があることを考えておりませんでしたが、もしも残基名をつける場合はどのように書けばよろしいでしょうか。たびたびの質問でも申し訳ありませんが、ご回答いただけますと幸いです。

よろしくお願いいたします。

 

[t_nakamura]

大山様

ご連絡をいただきありがとうございました。FAQを読んでいたつもりですが、全然私の問題と関連付けて考えることができず、大変失礼いたしました。いただいたご指摘をもとにファイルを調べたところ、N末端のアミノ基のところをNH3+にすべきところをNH2にしておりました。とりあえず、修正して現在、ジョブに投げて実行待ちです。

渡邉様

お気遣いいただき誠にありがとうございます。

今回の計算のファイルがある場所は

/data/hp190133/users/u12740/4wkq/

で、現在、上記の計算を試すべく

4wkq_optforFMO_tether05_3.pdb

4wkq_optforFMO_tether05_3.ajf

4wkq_optforFMO_tether05_3.sh

のファイルを使用する予定です。同じディレクトリ内にある

failed_resultsというディレクトリ内に、この掲示板で質問した際の.pdb, .ajf, .shファイルと.logファイルがあります。

ご確認いただき、より詳細なコメントをいただけますと大変助かります。

よろしくお願いいたします。

[投稿者]

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