フォーラムへの返信
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藤原 維吹 さん
ホームディレクトリは、富岳にログインした直後のディレクトリになります。
Linux では、”~” や “$HOME” で代替して表現することも可能です。
どこにあるのかは、”echo ~” や “echo $HOME” で確認できます。先の投稿では “rm -r ~/.spack/” とありましたので、
その通りに実行すれば良いと思います。不安になるのであれば、一度、ls (-a オプションを付けると、
先頭に . を付けた隠しファイルが表示できます) で、
中身を確認すると良いです。中には cache ディレクトリがありますので、
キャッシュファイルしか無いはずです。それでも不安になるのでしたら、別名でバックアップを取ると良いでしょう。
$ cd $HOME
$ cp -r $HOME/.spack $HOME/.spack.orig
$ rm -r $HOME/.spack
失敗したと思ったら、以下のコマンドで復元できます。
$ cp -r $HOME/.spack.orig $HOME/.spack
大山です。
この値は、スタートアップ講習会や夏の学校で私が用いた値を参考にしているのかと思います。
この値は、結構前から私が使っているもので、計算環境が今ほど良くない状態で決めた値です。当時は、MOE を使わず、GROMACS で最適化した構造を FMO 計算に用いることをしていたため、GROMACS の限界まで下げた値になります。
実際に、GROMACS で最適化を行うと、計算精度の問題で、以下のメッセージがログに出力されつつ、これよりも前に終了するかと思います。
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 0.04184 (which may not be possible for your system). It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we regard the minimization as converged to within the available machine precision, given your starting configuration and EM parameters.
この Fmax の値に合わせたと記憶しています。MD を行うためには、ここまで最適化する必要はないというご指摘は部分的には妥当です。
既に結晶構造があり、ほとんど手を加えてないのであれば、最適化はあまり必要ないと思います。
一方で、系に占める修正部分の割合が多かったり、一から構造を作製した場合、その構造の信頼性は低いため、最適化で担保する必要があります (それでも厳しいのですが)。また、近畿大学薬学部の先生は「最適化でエネルギーを安定にしすぎると、このあと後の平衡化で構造が動かなさすぎて時間がかかる」と仰っていました。
これについても、系の大きさや分子の柔軟性に依存するかと思います。
最適化が平衡化に与える影響について、私はあまり知見や証拠を持っていませんが、最適化の影響がそこまで大きく出るとは個人的には思えません。
それよりも、構造変化が見たい場合は、温度を高めに設定するか、accelerated MD で分子の柔軟性を高めるか、変性しない分子であればアニーリングを試されるのが良いかと思います。MD の計算時間の範囲は fs、ps、ns 程度であるため、実際の分子の構造変化がその範囲内に収まるかどうかも確認すべきです。シミュレーションでその範囲外の時間の構造変化を見たい場合、粗視化するか上記の温度を高めるようなテクニックが必要です。「チュートリアル＆セミナー」ページの 2023/06/23 までの更新情報は以下のとおりです。
2023/06/19 スタートアップ講習会2023 第4回目のページに配布資料、講義動画を追加しました。
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2023/06/08 スタートアップ講習会2023 第2回目のページに配布資料、講義動画を追加しました。
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