論文リスト

論文

2019年

  1.   Y. Terauchi, R. Suzuki, R.Takeda, I. Kobayashi, A. Kittaka, M. Takimoto-Kamimura and N. Kurita “Ligand chirality can affect histidine protonation of vitamin-D receptor: ab initio molecular orbital calculations in water” J. Steroid Biochem. Mol. Biol., 186, 89-95 (2019) .(https://doi.org/10.1016/j.jsbmb.2018.09.020)
  2. C. Watanabe, H. Watanabe, Y. Okiyama, D. Takaya, K. Fukuzawa, S. Tanaka and T. Honma “Development of an automated fragment molecular orbital (FMO) calculation protocol toward construction of quantum mechanical calculation database for large biomolecules” Chem-Bio Informatics Journal, 19, 5-18 (2019). (https://doi.org/10.1273/cbij.19.5)
  3. F. Shirai, T. Tsumura, Y. Yashiroda, Y. Yuki , H. Niwa, S. Sato, T. Chikada, Y.Koda,  K.Washizuka,     N. Yoshimoto, M. Abe, T. Onuki, Y. Mazaki, C. Hirama, T. Fukami, H. Watanabe,  T. Honma,           T. Umehara,  M. Shirouzu, M. Okue, Y. Kano, T. Watanabe, K. Kitamura, E. Shitara,  Y. Muramatsu, H. Yoshida, A. Mizutani, H. Seimiya, M. Yoshida  and H. Koyama “Discovery of Novel Spiroindoline Derivatives as Selective Tankyrase Inhibitors” J. Med. Chem., 62, 3407–3427(2019). (http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.8b01888)

2018年

  1. R. Takeda, R. Suzuki, I. Kobayashi, K. Kawai,  A. Kittaka,  M. Takimoto-Kamimura and N. Kurita “Specific interactions between vitamin D receptor and ligand depending on its chirality: ab initio fragment molecular orbital calculations” Chem-Bio Informatics Journal, 18, 32-43 (2018). (https://doi.org/10.1273/cbij.18.32)
  2. Y. Yagi, T. Kimura, M, Kamezawa, Y. Naoshima “Biomolecular Chemical Simulations toward Elucidation of  the Enantioselectivity and Reactivity of Lipases in Organic Synthesis” Chem-Bio Informatics Journal, 18, 21-31 (2018). (https://doi.org/10.1273/cbij.18.21)
  3. R. Takeda, I. Kobayashi, R. Suzuki, K. Kawai, A. Kittaka, M. Takimoto-Kamimura and N. Kurita “Proposal of potent inhibitors for vitamin-D receptor based on ab initio fragment molecular orbital calculations”  J. Mol. Graph. Model., 80, 320-326 (2018). (https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2018.01.014)
  4. Y. Tsuchiya, Y. Namiuchi, H. Wako, and H. Tsurui  “A study of CDR3 loop dynamics reveals distinct mechanisms of peptide recognition by Tcell receptors exhibiting different levels of crossreactivity”  Immunology, 153, 466-478 (2018). (https://doi.org/10.1111/imm.12849)
  5. K. Maruyama, Y. Sheng, H. Watanabe, K. Fukuzawa, and S. Tanaka  “Application of Singular Value Decomposition to the Inter-Fragment Interaction Energy Analysis for Ligand Screening”  Comput. Theor. Chem., 1132, 23-34 (2018). (https://doi.org/10.1016/j.comptc.2018.04.001)
  6. Y. Komeiji, Y. Okiyama, Y. Mochizuki, and K. Fukuzawa “Interaction between a single-stranded DNA and a binding protein viewed by the fragment molecular orbital method” Bull. Chem. Soc. Jpn., 91, 1596-1605 (2018). (https://doi.org/10.1246/bcsj.20180150)
  7. Y. Sheng, H. Watanabe, K. Maruyama, C. Watanabe, Y. Okiyama, T. Honma, K.  Fukuzawa, and S. Tanaka “Towards good correlation between fragment molecular orbital interaction energies and experimental IC50 for ligand binding:A case study of p38 MAP kinase” Comput. Struct. Biotechnol. J., 16, 421-434 (2018).  (https://doi.org/10.1016/j.csbj.2018.10.003)
  8. 関 祐哉, 加藤 司, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生「FMO法によるエストロゲン受容体のリガンド結合特異性解析」J. Comput. Chem. Jpn., 17, 160-162 (2018).(https://doi.org/10.2477/jccj.2018-0028)
  9.  F. Xu, S. Tanaka, H. Watanabe, Y. Shimane, M. Iwasawa, K. Ohishi, and T. Maruyama “Computational Analysis of the Interaction Energies between Amino Acid Residues of the Measles Virus Hemagglutinin and Its Receptors”  Viruses, 10,236 (18 pages) (2018). (doi: 10.3390/v10050236)
  10.  D.Takaya, K.Inaka,  A .Omura, K .Takenuki, M .Kawanishi, Y .Yabuki, Y.Nakagawa, K. Tsuganezawa, N .Ogawa, C .Watanabe, T .Honma, K .Aritake, Y .Urade, M .Shirouzu, and  A.Tanaka. “Characterization of crystal water molecules in a high-affinity inhibitor and hematopoietic prostaglandin D synthase complex by interaction energy studies” Bioorg Med Chem., 26, 4726-4734 (2018). (https://doi.org/10.1016/j.bmc.2018.08.014)

2017年

  1. K. Shimamura, H. Ishimura, I. Kobayashi, R. Kadoya, K. Kawai, M. Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “Molecular dynamics and ab initio FMO calculations on the effect of water molecules on the interactions between androgen receptor and its ligand and cofactor” Proceedings of The 2016 International Conference On Advanced Informatics, 2016, Penang, Malaysia. (DOI: 10.1109/ICAICTA.2016.7803095)
  2.  I. Kobayashi, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, M. Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “Effect of cofactor-binding on the specific interactions between androgen receptor and its ligand: ab initio molecular simulations” Proceedings of The 2016 International Conference On Advanced Informatics, 2016, Penang, Malaysia, accepted. (DOI:10.1109/ICAICTA.2016.7803088)
  3. R. Takeda, I. Kobayashi, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, A. Kittaka, M. Takimoto-Kamimura and, N. Kurita “Specific interactions between vitamin-D receptor and its ligands: ab initio molecular orbital calculations in water” J. Steroid Biochem. Mol. Biol., 171, 75-79 (2017). (DOI:10.1016/j.jsbmb.2017.02.018)
  4. 福澤薫「量子論に基づくタンパク質―化学物質相互作用解析~FMO創薬の実現に向けた取り組み」日本薬理学雑誌 149, 240-246 (2017). (DOI:10.1254/fpj.149.240)
  5. S. Uehara, S. Tanaka “Cosolvent-Based Molecular Dynamics for Ensemble Docking: Practical Method for Generating Druggable Protein Conformations” J. Chem. Inf. Model., 57, 742-756  (2017). (DOI:10.1021/acs.jcim.6b00791)
  6. M. Ozawa, T. Ozawa, and K. Ueda “Application of the fragment molecular orbital method analysis to fragment-based drug discovery of BET (bromodomain and extra-terminal proteins) inhibitors” J. Mol. Graph. Model., 74, 73-82 (2017). (https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.02.013)
  7. M. Ozawa, T. Ozawa, M. Nishio, and K. Ueda “The role of CH/π interactions in the high affinity binding of streptavidin and biotin” J. Mol. Graph. Model., 75, 117-124 (2017). (https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.05.002
  8. Y. Komeiji, Y. Okiyama, Y. Mochizuki, and K. Fukuzawa “Explicit solvation of single-stranded DNA,a binding protein, and their complex: a suitable protocol for fragment molecular orbital calculation” Chem-Bio Informatics Journal, 17, 72-84 (2017).  (https://doi.org/10.1273/cbij.17.72)
  9. 中野達也,望月祐志,福澤薫,沖山佳生,渡邉千鶴「Bond detached atom (BDA)を共有しているフラグメント間の相互作用エネルギーの補正に関する試み」Journal of Computer Aided Chemistry, 18, 143-148(2017).   (https://doi.org/10.2751/jcac.18.143)
  10. C. Watanabe, H. Watanabe, K. Fukuzawa, Lorien J. Parker, Y. Okiyama, H. Yuki, S. Yokoyama, H. Nakano, S. Tanaka, and T. Honma “Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone-Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (FMO+MM-PBSA) Approach” J. Chem. Inf. Model., 57, 2996-3010 (2017). (DOI: 10.1021/acs.jcim.7b00110)
  11. I. Kobayashi, R. Takeda, R. Suzuki, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, M. Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “Specific interactions between androgen receptor and its ligand: ab initio molecular orbital calculations in water” J. Mol. Graph. Model., 75, 383-389 (2017). (https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.06.003)

公開シンポジウム

2018年度

FMOデータベース公開記念シンポジウム
~世界初のタンパク質の量子化学計算データベースと創薬への活用~
日時:2019年3月21日(木)9:30~11:30
場所:日本薬学会 第139年会 E会場 ホテルニューオータニ幕張 鶴の間
オーガナイザー:本間光貴(理化学研究所)、福澤薫(星薬科大学)

2017年度

FMODD・KBDD 合同公開シンポジウム
―MD と QM の融合から創薬へ―
日時: 2017 年10 月4 日(水)14:30-18:00
場所: タワーホール船堀 小ホール
主催:バイオグリッドセンター関西 共催:CBI 学会FMO 研究会

講演・学会発表

2019年

  1. 武井 貴紀, 中村 佳菜美, 原田 弘毅, 星 絢子, 玄 美燕, 高山 淳, 岡﨑 真理, 坂本 武史, Mark Cushman 「ベンゾイミダゾロン環を導入した新規ADAM誘導体の合成及び抗HIV-1活性の評価」 日本薬学会第139年会, 2019年3月20日-23日(千葉)
  2. 栗 田典之、上村みどり、河合健太郎、橘高敦史「高精度分子シミュレーションによるVitamin D受容体とリガンド間の相互作用解析:リガンドのキラリティーの影響」第5回Neo Vitamin D Workshop、 東京(2019年8月)
  3. 矢城陽一朗,木村崇知,亀澤 誠 「エイズ治療薬の薬剤効果に関するフラグメント分子軌道計算」 第63回香料・テルペンおよび精油化学に関する討論会,2019年9月28日-30日(秋田)

2018年

  1. 渡邉千鶴「巨大系量子化学計算のためのフラグメント分子軌道法(FMO)とその解析事例」生物学・光源・物性研究者による量子生物学勉強会(2)、水戸(20182月)
  2. T. Takei, K. Hayashi, A. Hoshi, M. Higashihara, M. Xuan, J. Takayama, M. Tomoda, H. Miyamae, T. Sakamoto, “Asymmetric Synthesis and Evaluation of Anti-HIV-1 Activity of Alkenyldiarylmethanes Incorporating Sulfoxides”, 138th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan 2018, March 25-28, 2018, Kanazawa, Ishikawa, Japan.
  3. 武井 貴紀, 林 浩輔, 星 絢子, 東原 美和子, 玄 美燕, 髙山 淳, 友田 美紗, 宮前 博, Mark Cushman, 坂本 武史 「スルホキシド置換アルケニルジアリールメタンの不斉合成と抗HIV活性の評価」 日本薬学会第138年会, 2018年3月25日-28日(金沢)
  4. A. Katagiri, A. Hoshi, T. Takei, K. Nakamura, Y. Yoshikawa, M. Xuan, J. Takayama, M. Okazaki, T. Sakamoto, M. Cushman, “Evaluation of HIV-1 Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor Alkenyldiarylmethanes Incorporating Oxadiazoles”, 138th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan 2018, March 25-28, Kanazawa, Ishikawa, Japan.
  5. 栗田 典之、上村みどり、河合健太郎、橘高敦史「高精度分子シミュレーションによるVitamin D受 容体とリガンド間の特異的相互作用の解明」第4回Neo Vitamin D Workshop、 東京(2018年8月)
  6. 川下理日人「蛋白質の構造とコンピュータ解析で迫るウイルス学研究」 第2回大安研セミナー、大阪(2018年9月)
  7. Y. Terauch, R. Suzuki, A. Kittaka, M. Takimoto-Kamimura, N. Kurita, “Ligand chirality can affect histidine protonation of vitamin-D receptor: ab initio molecular orbital lculations in water”, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2018, Oct.9-11, 2018, Funabori, Tokyo, Japan.
  8. Y. Yagi, T. Kimura, C. Watanabe, H. Moriwaki, Y. Okiyama, S. Tanaka, T. Honma, K. Fukuzawa, “Comprehensive Protein-Ligand Interaction Analysis: FMO Calculation on the complexes of a Human Protease Renin and its Inhibitors”, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2018, Oct.9-11, 2018, Funabori, Tokyo, Japan.
  9. N. Mori, T. Takagi, Y.-S. Tian, N. Kawashita, “Interaction analysis of DPP4 inhibitor by fragment molecular orbital method”, 19th International Conference on Medicinal Chemistry & Multi Targeted Drug Delivery,  Nov.5-6, 2018, SanFrancisco, USA.
  10. 松浦敦、川下理日人 「フラグメント分子軌道法によるHIVgp120と抗体との相互作用解析」  第46回構造活性相関シンポジウム、大阪(2018年12月)
  11. 富士寛文、 川下理日人「フラグメント間相互作用エネルギーによる自由エネルギー変化予測の検証」 第46回構造活性相関シンポジウム、大阪 (2018年12月)

2017年

  1. 福澤薫「フラグメント分子軌道法を用いたインシリコ創薬基盤技術の開発」日本薬学会第137年会、仙台(2017年3月)
  2. C. Watanabe, Y. Okiyama, D. Takaya, S. Nagase, K. Kamisaka, H. Watanabe, K. Fukuzawa, and T. Honma, Construction of IFIE-database with semi-automated FMO calculation protocol” The 11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2017),. Aug. 27-Sep. 1, 2017, Munich, Germany.
  3. 矢城陽一朗、木村崇知、亀澤 誠「薬剤効果の予測に向けた生体分子量子化学計算」第61回 香料・テルペンおよび精油化学に関する討論会、金沢 (2017年9月)
  4. 井上貴文、杉本 学「三次元的電子状態トポロジーの形状類似性評価手法の開発」 第40回ケモインフォマティクス討論会宇部(201710月)
  5. 川下理日人 「蛋白質の構造とコンピュータ解析で迫るウイルス学研究」 第29回量子系分子科学セミナー、 神戸(2017年11月)
  6. N. Motoyama, T. Takagi, Tian Yu-Shi, H. Moriwaki, and N. KawashitaInteraction analysis of MDM2 inhibitor by fragment molecular orbital method 18th International Conference on Medicinal Chemistry & Targeted Drug Delivery, Dec. 6-8, 2017, Dallas, USA.
  7. H. Tsurui, “TCR-pMHC complex by Fragment Molecular Orbital (FMO) calculation 日本免疫学会2017年大会仙台(201712月)