フォーラムへの返信

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  • 返信先: ABINIT-MP のリスタートファイル #3881
    yoshim
    参加者

    渡邉先生

    お世話になっております。

    こちらにつきましては、Abinit-MPではなくGamessを使って無理やり解決してしまったので、ある意味解決はしているのですが、

    今後のために、状況を共有いたします。

    元の計算ファイルはごちゃごちゃしているので、サンプルファイルのgly5で問題となっている個所を提示します。

    /home/u10997/u10997/3rh8-fmo/share/samples

    こちらのフォルダに、

    1. まず、一度リスタートファイルを書き出す設定にし、計算がすべて終了したあと(input.write.log)

    2. monomer SCCとMP2を読み出すように設定し、dimerから再度計算するように設定して走らせた結果(input.read.log)があります。

    問題となるのは、input.read.logにおいて、READ MONOMER SCC RESULTとなったあとに、SCCが2サイクル走っているというところです。

    このケースでは、2サイクルで収束しているのでいいのですが、以前のケースでは、リスタート前の計算でSCCまで収束してMP2まで走っていたにもかかわらず、リスタート計算でSCCが再び振動し始め、結局MP2に入るまでにかなりの時間を要してしまうという現象が発生していました。

    今回、gly5で検証したことで、SCCファイルを読み込んだ際は、それを初期値としてSCCが再度走るという仕様がわかったため、原因は明確になり、

    SCCが以前の計算で収束していても、再度そこから再開するとすぐに収束しないことがあるというのが原因だとわかりました。

    これを解決するためには、SCCの読み込み時には収束判定をスキップする処理を追加するくらいしか、思いつかないですが、以前収束していたSCCがリスタートすると振動するということ自体、なにかおかしなことが起きているという考え方もできるかと思っています。(その時扱っていたのが、鉄をclosed shellで扱うという今思えば無理のある設定でしたので、そういうこともあるということで捨て置いてよいのかもしれません)

    煮え切らない感じにはなりましたが、現状はこのような感じです。

    吉村匡隆

     

     

    返信先: ABINIT-MP のリスタートファイル #3842
    yoshim
    参加者

    渡邉先生

    お世話になっております。

    東大の吉村です。

    こちらの方法を参考に計算を実行してみたのですが、

    ## READ MONOMER SCC RESULT

    FILE NAME = /vol0003/hp190133/data/users/ …

    というログは出るものの

    Monomer SCCの計算が再度始まってしまったのですが、

    何かこれらのキーワード以外に計算のリスタートの際に指定する必要があるものはありますでしょうか?

     

    yoshim
    参加者

    東大の吉村です。

    自分もこちらのエラーが出ました。

    どうやら年度代わりの富岳の更新にあたって
    4.8.1 tcsds-1.2.36についてはサポートなしとなり、module として提供されなくなったようです。
    https://www.fugaku.r-ccs.riken.jp/operation/20240321_01

    少なくとも自分のケースではabinit-mpはtcsds-1.2.36を読み込まなくてもデフォルトのtcsds-1.2.39のままでもジョブは完走しました。

    一応、Environment modulesの設定ファイル(/work/Fugaku-environment/modulefiles)を見ると、本体は/opt/FJSVxtclanga/以下にまだあるようですので、

    module unload lang/tcsds-1.2.39
    export FJSVXTCLANGA=/opt/FJSVxtclanga/tcsds-1.2.36
    export PATH=/opt/FJSVxtclanga/tcsds-1.2.36/bin:PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=/opt/FJSVxtclanga/tcsds-1.2.36/lib64:LD_LIBRARY_PATH

    などと書けば実質的にはmoduleを読み込んだのと同じことはできると思います。

     

     

    yoshim
    参加者

    また、このajfファイルをbiostationviewerで読み込もうとすると、ハイブリッド分割がサポートされていないというメッセージが出ます。

    yoshim
    参加者

    奥脇様

    情報を整理いただきありがとうございます。

    2. 上記バックグラウンドジョブについて

    に記載の方法につきましてはご指摘の方法で間違いありません。

    そのうえで、あえて1ノードジョブを用いずに、12ノード指定で記載したのには12ノード単位で確保されるtorus形状でのジョブが1ノードよりも比較的走りやすかったという事情があります。

    当時の「富岳」運用ステータスのページでは、1ノードのジョブが振り分けられる「small、small-s3」の実行待ちジョブ数が1万件を超え、実行開始時間が半日たっても割り当てられないという状況にありました。

    一方、torus形状のみ受け付けている「small-s2」においてはジョブ待ちが1000件程度で比較的すぐにジョブが走るという逆転現象が起きていました。

    そこで、1ノードをbulkjobで細々と投げるよりも12ノードにまとめて投げられるバックグラウンドジョブを利用できる方法を選択肢の一つとして共有した次第です。

    上記のものは私個人の感覚的な認識ということをご承知おきください。

     

    吉村匡隆

     

    返信先: FMO 創薬コンソーシアム HP に関する要望 #3461
    yoshim
    参加者

    お世話になっております。

    iPhoneなどで、掲示板のページを開いたまま時間が経ってセッションが切れた際に、画像認証のないログインページが出てログインが一度弾かれます。

    掲示板のページを表示して、別タブでログアウトボタンを押すと再現できます。

    返信先: cpfファイルのフォーマットについて #3442
    yoshim
    参加者

    修正いただきありがとうございました。

    追加で、rev23でのdimer (IFIE) 情報の出力内容のリストの出力と23.dimer (IFIE) 情報 のカラム名の対応をとっていただければありがたいです。

    • この返信は1年、 5ヶ月前にyoshimが編集しました。
    • この返信は1年、 5ヶ月前にyoshimが編集しました。
    返信先: newトピック #3403
    yoshim
    参加者

    投稿テスト

    返信先: FMO 創薬コンソーシアム HP に関する要望 #3399
    yoshim
    参加者

    ご対応いただきありがとうございます。

    メールの新着通知が機能していることも確認いたしました。

    以下のようなリンクに直接アクセスすると見えてしまうのは防ぎようがないでしょうか?(or そもそもリンクが流出しないように気を付ける?)

    https://fmodd.jp/member_contents/manual_ABINIT-MP/

    https://fmodd.jp/wordpress/wp-content/uploads/2023/05/BioStationViewer_Open_1.0_rev23_018_002.exe

    また、https://fmodd.jp/forums/reply/3168/にアクセスするとログイン画面に遷移しますが、この画面に正しいログイン情報を入力しても

    https://fmodd.jp/wordpress/login_18020

    というようなページに遷移してしまいます。

    また、現在、fmoddとgoogle検索すると「ログイン」というページhttps://fmodd.jp/login/が候補として出てきますが(このページも上記と同じようにログインできないページ)、このページをhttps://fmodd.jp/memberpage/にリダイレクトすることは可能でしょうか?

     

    返信先: FMO 創薬コンソーシアム HP に関する要望 #3309
    yoshim
    参加者

    気づいたのは、「BioStationViewerOpen1」とgoogle検索したら

    fmodd.jp/forums/reply/3168/

    がヒットし、内容が見えていたからです。

    返信先: FMO 創薬コンソーシアム HP に関する要望 #3305
    yoshim
    参加者

    wordpressの仕様かわかりませんが、

    ログインしていなくても、このフォーラムの投稿に以下のようなリンクでアクセスできてしまいます。

    fmodd.jp/forums/reply/3198/

     

    • この返信は1年、 6ヶ月前にyoshimが編集しました。
    返信先: FMO 創薬コンソーシアム HP に関する要望 #3198
    yoshim
    参加者

    チュートリアル&セミナーページの各コンテンツへアクセスしてもトップページに戻されてしまいます。

    チュートリアル&セミナー

     

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