フォーラムへの返信
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by akikato » 2023年2月23日(木) 12:35
回答いたします。
報告は1件ごとに異なるトピックとしてあげていただいた方がわかりやすいと思います。手動フラグメント分割が動作しないのは、組み込んでいるABINIT-MPに不具合があったためでした。
修正したABINIT-MPを
BioStationViewer Open1.0 rev23 Binds 018 001
より提供しますので、そちらをご利用ください。実行できないPC、グラフィックがバグるPCは、原因不明なのでペンディングとします。
開くことができないCPFファイルがある件は、可能であればCPFをご提示ください。
よろしくお願いします。
スコーピオンテック合同会社 加藤 昭史
投稿記事 by myoshim » 2023年1月30日(月) 22:35
Biostation viewer(Open1.0 rev23 Binds 017 004) を開いた際に、グラフィックが下記のようにバグるPCが存在する。
関係していると思われる、当該PC特有の要因として、ディスプレイの解像度が高い（2880×1800px）
CPUがAMD Ryzen 7 5800U with Radeon Graphicsなので、AMD特有のバグの可能性
11月のCBI学会のチュートリアルの際は描画には問題なかったので、最近のwindowsやグラフィックドライバーのアップデートが関係している可能性
投稿記事 by myoshim » 2023年1月30日(月) 22:23
BioStationViewer Open1.0 rev23 Binds 017 004において、
手動フラグメント分割
（File→Edit ABINIT-MP Input File→FMOCNTRL→Auto Fragmentation: off→Set fragmentation→Generate Fragments）
を実行した際に
「fragment file read error」が出る。
BioStationViewer Open1.0 rev23 Binds 017 b002では正常に実行できる。
入力構造は正しく読み込めるPDBファイルであれば何でもよい。
例えば、
https://files.rcsb.org/download/1BDD.pdb本掲示板は、ビジュアルエディタ、あるいは一部のBBCodeによる入力に対応しています。
■ 画像の挿入
入力ボックス上部メニューの右端「画像の挿入」より挿入可能です。
■リスト
番号なしリスト
メニューの左から4番目「番号なしリスト」より設定可能です。- リスト1
- リスト2
[ul] [li] [/li] [/ul] と同義です。
番号付きリスト
左から5番目「番号付きリスト」より設定可能です。- 手順1
- 手順2
[ol] [li] [/li] [/ol] と同義です。
■ 引用
左から3番目「引用」より設定可能です。こちらは引用です
[quote] [/quote] と同義です。
■ 添付
入力画面の下部 “Upload Attachment” より添付可能です。(500ＭＢまで添付できます)
■ コード
[ pre] [ /pre]で囲むことでコード表記となります。こちらはコードサンプルです
加熱シミュレーションの .mdp ファイルの不具合
Gromacs のチュートリアルを担当させていただいた大山です。
これらの講習会で配布した .mdp ファイルに不具合があると
先日、学生さんからご指摘を受けました。問題のあったのは “03_md-heat.mdp” になります。
この中の “gen-temp = 310.15” は系全体の初期速度を
310.15 K の Maxwell 分布に基づいて発生させるというものです。
この設定と温度を制御する “annealing” は競合し、
最終的には annealing が優先されますが、
下の図にあるように、初期温度が gen-temp のものになってしまうため、
厳密な 0 K からのシミュレーションではなくなってしまします。
また、Gromacs の最新版ですと、.mdp 内の設定名の中に
ハイフン、あるいはアンダーバーがあるもの (例: “gen-temp” あるいは “gen_temp”) は、
ハイフンに統一され、”gmx grompp” あたりで warning が出てしまうという話があります。したがって、もし、Gromacs で MD をされる場合は、
以前の .mdp ファイルではなく、こちらに添付の
.mdp ファイルをご参照ください。ご不便をおかけますこと、深くお詫び申し上げます。
加熱シミュレーションの .mdp ファイルの不具合
Gromacs のチュートリアルを担当させていただいた大山です。
これらの講習会で配布した .mdp ファイルに不具合があると
先日、学生さんからご指摘を受けました。問題のあったのは “03_md-heat.mdp” になります。
この中の “gen-temp = 310.15” は系全体の初期速度を
310.15 K の Maxwell 分布に基づいて発生させるというものです。
この設定と温度を制御する “annealing” は競合し、
最終的には annealing が優先されますが、
下の図にあるように、初期温度が gen-temp のものになってしまうため、
厳密な 0 K からのシミュレーションではなくなってしまします。
また、Gromacs の最新版ですと、.mdp 内の設定名の中に
ハイフン、あるいはアンダーバーがあるもの (例: “gen-temp” あるいは “gen_temp”) は、
ハイフンに統一され、”gmx grompp” あたりで warning が出てしまうという話があります。したがって、もし、Gromacs で MD をされる場合は、
以前の .mdp ファイルではなく、こちらに添付の
.mdp ファイルをご参照ください。ご不便をおかけますこと、深くお詫び申し上げます。
スライド 17 (AmberTools によるリガンドの力場作製) に関する指摘
by t-ohyama » 2022年11月11日(金) 18:12
ある受講者からメールで指摘があったため、この場をお借りして訂正させていただきます。
資料では
“antechamber -i 1H8_resp_HF631Gd.out -fi gout -o 1H8.mol2 -fo mol2 -rn 1H8 -nc 1”
となっていましたが、この方法では「-c resp」が足りないため、mol2ファイルにresp電荷が書き出されず、電荷が0.000000になってしまうように思います。このご指摘、まさにその通りで、私の方で完全に失念しておりました。
FMODD の HP にある夏の学校およびスタートアップ講習会のページに
修正版をアップロードしておきます。
