フォーラムへの返信

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  • k-okuwaki
    キーマスター

    伊丹様、吉村様

    お世話になっております。世話人の奥脇です。
    本件、ご不便をおかけし申し訳ありません。
    計算不具合の原因についてはご記載の通りです。

    吉村さんのご提案の通り、tcsds-1.2.36を読み込んでいただく形での実施でも問題ございませんが、
    今年度のデフォルト言語環境 tcsds-1.2.39で、現行のabinitmpを再ビルドしましたので、よろしければ更新版をお使いください。

    ■ 通常版
    /vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.39/abinitmp_smp

    ■ f積分対応版
    /vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.39/abinitmp_smp_fint

    同ディレクトリに実行sh (引数実行版、直接記載版)も配置しております。
    もしご自身のshを書き換えられる場合は、ディレクトリパスだけでなく、
    言語環境を呼び出す部分 (module switch lang/tcsds-1.2.36) を、
    新しいもの module switch lang/tcsds-1.2.39 に書き換えていただくようお願いします。

    ご不明点がありましたらご連絡ください。
    よろしくお願いいたします。

    奥脇

    返信先: 富岳でのGromacsエラーについて #3694
    k-okuwaki
    キーマスター

    伊丹さん

    奥脇です。状況をお知らせ頂きありがとうございます。
    エラーを拝見する限り、何等かの理由でspackが正常読み込みされていないことが考えられます。

    ホームディレクトリにあるspackのキャッシュが悪さしているかもしれませんので、
    ホームディレクトリで直接以下のコマンドをお試しいただけますでしょうか。

    rm -r ~/.spack/

    (rmコマンドなので、余計なスペース等はいらないようお気を付けください。 rm の後にスペース、 -r の後にスペース、~/.spack/はひとまとまりです。)

    その後、以下2コマンドを改めてお試しください。

    . /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh
    spack load gromacs@2021.5

    1つめ(. /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh)
    では何も表示されないと思われますが、正常動作すれば、
    2つめ(spack load gromacs@2021.5)
    を打った際も何も表示されなくなると思われます。

    よろしくお願いいたします。

    • この返信は1ヶ月、 1週前にk-okuwakiが編集しました。
    返信先: ABINIT-MP リリース情報 #3642
    k-okuwaki
    キーマスター

    11月の全体会議で簡単にご紹介しましたが、
    Rev23-BINDS V1 20230712 版を内部公開しましたのでご案内します。
    是非今後のご検討は新版をお使いいただけますと幸いです。
    今後例題、サンプルなどの公開を予定しておりますが、機能のご不明点についてはお気軽にご質問ください。

    主な更新内容 (HPCI公開版 Rev.22からの追加)

    • Frozen Domain 法による部分構造最適化(直交座標系)
      • ビューア連携も可
        ※富岳では速度が出ないため、使用されたい際はお問い合わせください
    • 自動分割関係
      • 金属配位用の自動分割 MergeCoord 、Rcoord
      • 末端処理(NME, ACE 対応)・RNA 分割 特定の末端
      • hybrid 分割安定版
    • その他
      • hybrid 射影演算子(sp2/sp3 併用)
      • フラグメントネームリスト別ファイル読み込み機能
      • CPF Ver.23
      • f 積分cc pVDZ の不具合改善

    富岳バイナリ場所

    /vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.36/abinitmp_smp

     富岳実行スクリプト 

    二種類ありますので、お好きなほうをコピーしてご利用ください。

    /vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.36/samples/runbindsv1-l36.sh (入力削減版)

    /vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.36/samples/runsh-template.sh (これまでと同一)

    詳細は添付PDFをご確認ください。

    • この返信は3ヶ月、 2週前にk-okuwakiが編集しました。
    Attachments:
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    返信先: 本フォーラム (掲示板) の利用 Tips #3513
    k-okuwaki
    キーマスター

    ※仕様による不具合のお知らせ

    掲示板内で具体的なコードを記入する際、バッククオート(`)を表示させたいケースがありますが、1行に2つのバッククオートがあると、<code></code>表記に変換されてしまうようです。

    上記自動変換を変更するのが難しく、お手数ですが`の入力が必要な際は複数行に分けて頂くか、ファイル添付で補って頂くようお願いします。

    k-okuwaki
    キーマスター

    吉村さん
    ご回答いただきありがとうございました。

    一方、torus形状のみ受け付けている「small-s2」においてはジョブ待ちが1000件程度で比較的すぐにジョブが走るという逆転現象が起きていました。

    smallジョブ内の詳細は拝見していませんでしたが、gaussianが有効化されてから1ノードジョブが大量増加しており、仰るように現在はs2が流れやすい現象が常態化していそうですね。ご教示いただきありがとうございます。

    今後はどのようになっていくか不明ですが、グループ内でも最適な方法を選択できるよう、複数の選択肢を案内していければと思います。

    1ノードジョブ時でもtorus指定をすると流れやすくなる、という案内もあるようですので(過去の案内ですが)、どのように流すのが適切か、運技にも改めて確認いたします。
    https://www.fugaku.r-ccs.riken.jp/operation/20220623_01

     

    k-okuwaki
    キーマスター

    yoshimさん

    ご案内ありがとうございます。
    ジョブの同時投入について運技に確認のうえ整理しましたので、いくつか補足させてください。

    1. 富岳でのジョブ一括投入機能について

    富岳のジョブ投入には「バックグラウンドジョブ」「バルクジョブ」の二種類があります。
    今回ご案内頂いたのは前者ですが、1ノードジョブのパラメータを変更して大量に流す場合は後者「バルクジョブ」の方が効率的のようです。
    詳しくは以下をご覧ください。

    https://www.fugaku.r-ccs.riken.jp/doc_root/ja/user_guides/use_1.07/JobExecution/BulkJob.html

    ${PJM_BULKNUM}という変数をジョブスクリプトに書いておき、pjsub時に範囲(数字)を指定することで、指定範囲でパラメータを変更させ、複数の計算を同時投入することが可能です。
    全体は1つの計算ジョブで、1つ1つの計算は「サブジョブ」という括りで投入されます。
    バックグラウンドジョブと比べると以下の点がメリットとなります。

    • 1つ1つのサブジョブは1ノード計算のため、1ノードずつ空きを探して流れる(バックグラウンドジョブは全体で使用するノード分空きがないと実行できない)
    • 複数ノード空いていれば複数のサブジョブが同時に流れるため、柔軟に計算される
    • waitによる全体終了の待ちもないため、特定の計算の不具合による他への影響がない
    • vcoordファイルで使用座標を逐一指定する必要ががない
    • 不具合が起きたサブジョブを同定、再計算するのが楽

    バックグラウンドジョブは「京」時代からもありましたが、ジョブ内で複数のMPIプログラムを動かす際などに一番効果的のようです。
    バルクジョブでご指定のgaussianジョブを流す際は以下のようになります。
    (私はgaussianを有効化していないため、申し訳ありませんが実行テストはできていません)

    #!/bin/bash
    #PJM -L “rscgrp=small”
    #PJM -L “node=1”
    #PJM -L “eco_state=2”
    #PJM -L “elapse=10:00:00”
    #PJM -x PJM_LLIO_GFSCACHE=/vol0004
    #PJM -g hp190133
    #PJM -S
    #PJM -j
    module use /vol0004/apps/isv/Gaussian/modulefiles
    module load Gaussian
    . $g16root/g16/bsd/g16.profile
    #PJM_BULKNUMの数字を10で割り小数第一位まで表示。その後num変数に代入
    num=`echo “scale=1; ${PJM_BULKNUM} / 10” | bc \
    `
    mpiexec  -stdin ${num}/${num}.gjf -stdout-proc ${num}/scan.log -n 1
    

    このようなジョブスクリプトファイルを作り、
    pjsub --bulk --sparam "16-27" script.sh

    と実行することで、1.6/1.6.gjf, 1.7/1.7.gjf …  2.6.gjf/2.6.gjf   の1ノードジョブをバルクジョブ実行することが可能です。
    ※小数名称のディレクトリ、ファイルにあわせるためにbcコマンドを組み合わせていますが、ファイル名称をbulkジョブ運用に合わせるのも一案かもしれません。

    サブジョブ個々の確認は pjstat -Eで可能となります。

    2. 上記バックグラウンドジョブについて

    バックグラウンドジョブも有効な場面があると存じますので、念のための確認させてください。上記に記載いただいたBGジョブサンプルは、

    • 各ディレクトリ(1.7~2.6)に”v1″名称のvcoordfileを事前に配置しておく
    • 各ディレクトリ内のv1ファイルには(0)から(11)の別々の座標指定をしておく

    という前提で問題ございませんでしょうか。

    3. ABINIT-MPの連番実行について
    ABINIT-MPのバルク実行用の汎用ジョブスクリプトを
    /vol0003/hp190133/data/programs/job/bulkjob/samples
    に配置しました。後ほど別スレッドに記載しますが、もしよろしければ参考にご覧ください。

    よろしくお願いいたします。

    • この返信は8ヶ月前にk-okuwakiが編集しました。
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    返信先: HP 更新情報 #3423
    k-okuwaki
    キーマスター

    HP機能について、以下機能の更新を行いました。(ご指摘等いただきました吉村さん、ありがとうございました)

    1. 通知機能の整備
      掲示板の投稿・返信に関する通知機能を整備しました。詳細は以下tipsをご確認ください。
      掲示板利用のtips
    2. メンバーページのDLリンク
      Biostation viewer (正式版)のDLリンクについて、メンバーページのリンクボタンのみからDL可能となりました。リンクURLの直入力のダウンロードは不可能となりますのでご了承ください。
    3. 各ページ直接のログイン
      日本語画像認証の関係で、各ページの直接へのログイン+アクセスが出来なくなっていた不具合を解消しました。

    その他不具合、ご要望がありましたら以下要望ページまでお願いいたします。
    HPへの要望ページ

    返信先: 本フォーラム (掲示板) の利用 Tips #3420
    k-okuwaki
    キーマスター

    メール通知の設定方法です。(2023/06/19より機能追加)

    現在掲示板の階層は以下の4階層となっています。

    1.  フォーラム一覧  https://fmodd.jp/forums/
    2.  個々のフォーラム 例) https://fmodd.jp/forums/forum/abinit-mp-topic/
    3. フォーラム内各トピック 例) https://fmodd.jp/forums/topic/abinit-mp-release/
    4. 各トピックへリプライ 例) https://fmodd.jp/forums/reply/3168/

    3の各トピックを表示した際に、ページ右上に”購読”ボタンが表示されます。
    こちらをクリックすることで、そのトピックの返信に、添付画像のようにメール通知を取得することが可能です。

    基本は3の階層での利用となりますが、フォーラム内の通知をまとめて取得したい場合は、2のフォーラム(トピック一覧)部分の”購読”ボタンから一括での通知設定も可能です。

    • この返信は9ヶ月、 4週前にk-okuwakiが編集しました。
    Attachments:
    You must be logged in to view attached files.
    返信先: FMO 創薬コンソーシアム HP に関する要望 #3418
    k-okuwaki
    キーマスター

    yoshimさん

    詳細にご確認いただき、誠にありがとうございます。(仰るようにリンクの数のせいかスパム認定されていました。こちらはセキュリティ上一旦そのままの仕様とさせてください。)

    以下、各項目へのご回答となります。

    1. リンクアクセスの件
      https://fmodd.jp/member_contents/manual_ABINIT-MP/
      -> こちらは意図的にメンバーコンテンツから外している(一般公開OK)のコンテンツとなります。サブディレクトリ名が紛らわしく申し訳ありません。)
      – biostation viewerのリンク
      -> 本件、特定のURL (https://fmodd.jp/memberpage/)からしかDLできないように対応いたしました。ありがとうございます。
    2. ログインページの一部不具合
      日本語画像認証が反映されない設置形式だったため、ログイン不可の状況となっておりました。対応しました。
    3. SSL化
      一部URLのSSL化が不十分でした。HSTS化はしておりませんが、リダイレクトによるSSL化で一旦対応しています。
    4. ログインページ
      旧ログインページ(https://fmodd.jp/login) を現ログインページにリダイレクトするように設定しました。

    他にもお気づきの点がありましたらご報告いただけますと幸いです。

    • この返信は9ヶ月、 4週前にk-okuwakiが編集しました。
    返信先: newトピック #3401
    k-okuwaki
    キーマスター

    通知テスト

    返信先: FMO 創薬コンソーシアム HP に関する要望 #3392
    k-okuwaki
    キーマスター

    yoshim さん
    ご報告いただきありがとうございます。ご返答が遅くなり申し訳ありません。
    ■ チュートリアルページの件
    スタートアップ講習会開始に合わせ修正いたしました。
    恐らく現在はご覧頂けているかと存じますが、不都合がございましたらご連絡ください。

    ■ リプライページの件
    掲示板の階層は以下の4階層で、各階層にログイン認証を設けているのですが、一番下のリプライ階層のみ設定が不十分でした。
    – フォーラム一覧  https://fmodd.jp/forums/
    – 個々のフォーラム 例) https://fmodd.jp/forums/forum/abinit-mp-topic/
    – 個々のトピック 例) https://fmodd.jp/forums/topic/abinit-mp-release/
    – 個々のトピックへリプライ 例) fmodd.jp/forums/reply/3168/
    修正いたしましたので、非ログイン表示では表示されなくなっているかと存じます。
    (しばらく検索結果に一部表示される問題は残ってしまいますが、システム上は検索エンジンのクローラー表示への対応も完了しました。)

    返信先: バグ報告 #3174
    k-okuwaki
    キーマスター

    by t-ohyama » 2023年2月27日(月) 15:19

    加藤様

    そうですね。
    確かに報告は 1 件、1 件分けたほうが見やすいですね。

    > 皆様
    報告や質問がある場合は、適切なタイトルをつけたトピックを立ち上げてくださいますよう、
    よろしくお願いいたします。

    なお、このトピックを open にしておくと、このトピックに返信をして、
    収集がつかなくなる可能性があるため、一度閉鎖させていただきます。
    追加の報告がある場合は、別にトピックを立ち上げての報告をお願いいたします。

    返信先: バグ報告 #3172
    k-okuwaki
    キーマスター

    by akikato » 2023年2月23日(木) 12:35

    回答いたします。
    報告は1件ごとに異なるトピックとしてあげていただいた方がわかりやすいと思います。

    手動フラグメント分割が動作しないのは、組み込んでいるABINIT-MPに不具合があったためでした。
    修正したABINIT-MPを
    BioStationViewer Open1.0 rev23 Binds 018 001
    より提供しますので、そちらをご利用ください。

    実行できないPC、グラフィックがバグるPCは、原因不明なのでペンディングとします。

    開くことができないCPFファイルがある件は、可能であればCPFをご提示ください。

    よろしくお願いします。

    スコーピオンテック合同会社 加藤 昭史

    • この返信は11ヶ月、 2週前にk-okuwakiが編集しました。
    返信先: バグ報告 #3171
    k-okuwaki
    キーマスター

    投稿記事 by okayama_kindai » 2023年2月03日(金) 12:28

    Biostation Viewer Open1.0 rev.23 Binds 017 b001において、開くことができないCPFファイルがあります。
    以下にBiostaion Viewerのエラーメッセージを記載します。
    計算に問題があるのか、ソフトに問題があるのかは不明です。

    ——————————————–
    ERROR MESSAGE
    Check Point File read error(*/*.cpf).
    Line No.2347
    Message:null
    ——————————————–

    返信先: バグ報告 #3169
    k-okuwaki
    キーマスター

    投稿記事 by myoshim » 2023年1月30日(月) 22:35

    Biostation viewer(Open1.0 rev23 Binds 017 004) を開いた際に、グラフィックが下記のようにバグるPCが存在する。
    関係していると思われる、当該PC特有の要因として、ディスプレイの解像度が高い(2880×1800px)
    CPUがAMD Ryzen 7 5800U with Radeon Graphicsなので、AMD特有のバグの可能性
    11月のCBI学会のチュートリアルの際は描画には問題なかったので、最近のwindowsやグラフィックドライバーのアップデートが関係している可能性

    • この返信は11ヶ月、 2週前にk-okuwakiが編集しました。
15件の投稿を表示中 - 1 - 15件目 (全36件中)