フォーラムへの返信
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伊丹さん
奥脇です。状況をお知らせ頂きありがとうございます。
エラーを拝見する限り、何等かの理由でspackが正常読み込みされていないことが考えられます。ホームディレクトリにあるspackのキャッシュが悪さしているかもしれませんので、
ホームディレクトリで直接以下のコマンドをお試しいただけますでしょうか。rm -r ~/.spack/
(rmコマンドなので、余計なスペース等はいらないようお気を付けください。 rm の後にスペース、 -r の後にスペース、~/.spack/はひとまとまりです。）
その後、以下2コマンドを改めてお試しください。
. /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh
spack load gromacs@2021.51つめ(. /vol0004/apps/oss/spack/share/spack/setup-env.sh)
では何も表示されないと思われますが、正常動作すれば、
2つめ(spack load gromacs@2021.5)
を打った際も何も表示されなくなると思われます。よろしくお願いいたします。
11月の全体会議で簡単にご紹介しましたが、
Rev23-BINDS V1 20230712 版を内部公開しましたのでご案内します。
是非今後のご検討は新版をお使いいただけますと幸いです。
今後例題、サンプルなどの公開を予定しておりますが、機能のご不明点についてはお気軽にご質問ください。主な更新内容 (HPCI公開版 Rev.22からの追加)
- Frozen Domain 法による部分構造最適化（直交座標系）
- ビューア連携も可
※富岳では速度が出ないため、使用されたい際はお問い合わせください
- ビューア連携も可
- 自動分割関係
- 金属配位用の自動分割 MergeCoord 、Rcoord
- 末端処理(NME, ACE 対応）・RNA 分割 特定の末端
- hybrid 分割安定版
- その他
- hybrid 射影演算子(sp2/sp3 併用)
- フラグメントネームリスト別ファイル読み込み機能
- CPF Ver.23
- f 積分cc pVDZ の不具合改善
富岳バイナリ場所
/vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.36/abinitmp_smp
富岳実行スクリプト
二種類ありますので、お好きなほうをコピーしてご利用ください。
/vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.36/samples/runbindsv1-l36.sh (入力削減版）
/vol0003/hp190133/data/programs/ABINIT-MP/open/rev23bindv1-20230712/lang-tcsds-1.2.36/samples/runsh-template.sh (これまでと同一)
詳細は添付PDFをご確認ください。
yoshimさん
ご案内ありがとうございます。
ジョブの同時投入について運技に確認のうえ整理しましたので、いくつか補足させてください。1. 富岳でのジョブ一括投入機能について
富岳のジョブ投入には「バックグラウンドジョブ」「バルクジョブ」の二種類があります。
今回ご案内頂いたのは前者ですが、1ノードジョブのパラメータを変更して大量に流す場合は後者「バルクジョブ」の方が効率的のようです。
詳しくは以下をご覧ください。https://www.fugaku.r-ccs.riken.jp/doc_root/ja/user_guides/use_1.07/JobExecution/BulkJob.html
${PJM_BULKNUM}という変数をジョブスクリプトに書いておき、pjsub時に範囲(数字)を指定することで、指定範囲でパラメータを変更させ、複数の計算を同時投入することが可能です。
全体は1つの計算ジョブで、1つ1つの計算は「サブジョブ」という括りで投入されます。
バックグラウンドジョブと比べると以下の点がメリットとなります。- 1つ1つのサブジョブは1ノード計算のため、1ノードずつ空きを探して流れる（バックグラウンドジョブは全体で使用するノード分空きがないと実行できない)
- 複数ノード空いていれば複数のサブジョブが同時に流れるため、柔軟に計算される
- waitによる全体終了の待ちもないため、特定の計算の不具合による他への影響がない
- vcoordファイルで使用座標を逐一指定する必要ががない
- 不具合が起きたサブジョブを同定、再計算するのが楽
バックグラウンドジョブは「京」時代からもありましたが、ジョブ内で複数のMPIプログラムを動かす際などに一番効果的のようです。
バルクジョブでご指定のgaussianジョブを流す際は以下のようになります。
(私はgaussianを有効化していないため、申し訳ありませんが実行テストはできていません）#!/bin/bash #PJM -L “rscgrp=small” #PJM -L “node=1” #PJM -L “eco_state=2” #PJM -L “elapse=10:00:00” #PJM -x PJM_LLIO_GFSCACHE=/vol0004 #PJM -g hp190133 #PJM -S #PJM -j module use /vol0004/apps/isv/Gaussian/modulefiles module load Gaussian . $g16root/g16/bsd/g16.profile #PJM_BULKNUMの数字を10で割り小数第一位まで表示。その後num変数に代入 num=`echo “scale=1; ${PJM_BULKNUM} / 10” | bc \ ` mpiexec -stdin ${num}/${num}.gjf -stdout-proc ${num}/scan.log -n 1このようなジョブスクリプトファイルを作り、
pjsub --bulk --sparam "16-27" script.shと実行することで、1.6/1.6.gjf, 1.7/1.7.gjf … 2.6.gjf/2.6.gjf の1ノードジョブをバルクジョブ実行することが可能です。
※小数名称のディレクトリ、ファイルにあわせるためにbcコマンドを組み合わせていますが、ファイル名称をbulkジョブ運用に合わせるのも一案かもしれません。サブジョブ個々の確認は
pjstat -Eで可能となります。2. 上記バックグラウンドジョブについて
バックグラウンドジョブも有効な場面があると存じますので、念のための確認させてください。上記に記載いただいたBGジョブサンプルは、
- 各ディレクトリ(1.7～2.6)に”v1″名称のvcoordfileを事前に配置しておく
- 各ディレクトリ内のv1ファイルには(0)から(11)の別々の座標指定をしておく
という前提で問題ございませんでしょうか。
3. ABINIT-MPの連番実行について
ABINIT-MPのバルク実行用の汎用ジョブスクリプトを
/vol0003/hp190133/data/programs/job/bulkjob/samples
に配置しました。後ほど別スレッドに記載しますが、もしよろしければ参考にご覧ください。よろしくお願いいたします。
メール通知の設定方法です。(2023/06/19より機能追加）
現在掲示板の階層は以下の4階層となっています。
- フォーラム一覧 https://fmodd.jp/forums/
- 個々のフォーラム 例) https://fmodd.jp/forums/forum/abinit-mp-topic/
- フォーラム内各トピック 例) https://fmodd.jp/forums/topic/abinit-mp-release/
- 各トピックへリプライ 例) https://fmodd.jp/forums/reply/3168/
3の各トピックを表示した際に、ページ右上に”購読”ボタンが表示されます。
こちらをクリックすることで、そのトピックの返信に、添付画像のようにメール通知を取得することが可能です。基本は3の階層での利用となりますが、フォーラム内の通知をまとめて取得したい場合は、2のフォーラム（トピック一覧）部分の”購読”ボタンから一括での通知設定も可能です。
yoshimさん
詳細にご確認いただき、誠にありがとうございます。（仰るようにリンクの数のせいかスパム認定されていました。こちらはセキュリティ上一旦そのままの仕様とさせてください。）
以下、各項目へのご回答となります。
- リンクアクセスの件
– https://fmodd.jp/member_contents/manual_ABINIT-MP/
-> こちらは意図的にメンバーコンテンツから外している（一般公開OK）のコンテンツとなります。サブディレクトリ名が紛らわしく申し訳ありません。）
– biostation viewerのリンク
-> 本件、特定のURL (https://fmodd.jp/memberpage/)からしかDLできないように対応いたしました。ありがとうございます。 - ログインページの一部不具合
日本語画像認証が反映されない設置形式だったため、ログイン不可の状況となっておりました。対応しました。 - SSL化
一部URLのSSL化が不十分でした。HSTS化はしておりませんが、リダイレクトによるSSL化で一旦対応しています。 - ログインページ
旧ログインページ(https://fmodd.jp/login) を現ログインページにリダイレクトするように設定しました。
他にもお気づきの点がありましたらご報告いただけますと幸いです。
by akikato » 2023年2月23日(木) 12:35
回答いたします。
報告は1件ごとに異なるトピックとしてあげていただいた方がわかりやすいと思います。手動フラグメント分割が動作しないのは、組み込んでいるABINIT-MPに不具合があったためでした。
修正したABINIT-MPを
BioStationViewer Open1.0 rev23 Binds 018 001
より提供しますので、そちらをご利用ください。実行できないPC、グラフィックがバグるPCは、原因不明なのでペンディングとします。
開くことができないCPFファイルがある件は、可能であればCPFをご提示ください。
よろしくお願いします。
スコーピオンテック合同会社 加藤 昭史
投稿記事 by myoshim » 2023年1月30日(月) 22:35
Biostation viewer(Open1.0 rev23 Binds 017 004) を開いた際に、グラフィックが下記のようにバグるPCが存在する。
関係していると思われる、当該PC特有の要因として、ディスプレイの解像度が高い（2880×1800px）
CPUがAMD Ryzen 7 5800U with Radeon Graphicsなので、AMD特有のバグの可能性
11月のCBI学会のチュートリアルの際は描画には問題なかったので、最近のwindowsやグラフィックドライバーのアップデートが関係している可能性
- Frozen Domain 法による部分構造最適化（直交座標系）
