フォーラムへの返信
-
投稿記事 by myoshim » 2023年1月30日(月) 22:23
BioStationViewer Open1.0 rev23 Binds 017 004において、
手動フラグメント分割
（File→Edit ABINIT-MP Input File→FMOCNTRL→Auto Fragmentation: off→Set fragmentation→Generate Fragments）
を実行した際に
「fragment file read error」が出る。
BioStationViewer Open1.0 rev23 Binds 017 b002では正常に実行できる。
入力構造は正しく読み込めるPDBファイルであれば何でもよい。
例えば、
https://files.rcsb.org/download/1BDD.pdb本掲示板は、ビジュアルエディタ、あるいは一部のBBCodeによる入力に対応しています。
■ 画像の挿入
入力ボックス上部メニューの右端「画像の挿入」より挿入可能です。
■リスト
番号なしリスト
メニューの左から4番目「番号なしリスト」より設定可能です。- リスト1
- リスト2
[ul] [li] [/li] [/ul] と同義です。
番号付きリスト
左から5番目「番号付きリスト」より設定可能です。- 手順1
- 手順2
[ol] [li] [/li] [/ol] と同義です。
■ 引用
左から3番目「引用」より設定可能です。こちらは引用です
[quote] [/quote] と同義です。
■ 添付
入力画面の下部 “Upload Attachment” より添付可能です。(500ＭＢまで添付できます)
■ コード
[ pre] [ /pre]で囲むことでコード表記となります。こちらはコードサンプルです
加熱シミュレーションの .mdp ファイルの不具合
Gromacs のチュートリアルを担当させていただいた大山です。
これらの講習会で配布した .mdp ファイルに不具合があると
先日、学生さんからご指摘を受けました。問題のあったのは “03_md-heat.mdp” になります。
この中の “gen-temp = 310.15” は系全体の初期速度を
310.15 K の Maxwell 分布に基づいて発生させるというものです。
この設定と温度を制御する “annealing” は競合し、
最終的には annealing が優先されますが、
下の図にあるように、初期温度が gen-temp のものになってしまうため、
厳密な 0 K からのシミュレーションではなくなってしまします。
また、Gromacs の最新版ですと、.mdp 内の設定名の中に
ハイフン、あるいはアンダーバーがあるもの (例: “gen-temp” あるいは “gen_temp”) は、
ハイフンに統一され、”gmx grompp” あたりで warning が出てしまうという話があります。したがって、もし、Gromacs で MD をされる場合は、
以前の .mdp ファイルではなく、こちらに添付の
.mdp ファイルをご参照ください。ご不便をおかけますこと、深くお詫び申し上げます。
加熱シミュレーションの .mdp ファイルの不具合
Gromacs のチュートリアルを担当させていただいた大山です。
これらの講習会で配布した .mdp ファイルに不具合があると
先日、学生さんからご指摘を受けました。問題のあったのは “03_md-heat.mdp” になります。
この中の “gen-temp = 310.15” は系全体の初期速度を
310.15 K の Maxwell 分布に基づいて発生させるというものです。
この設定と温度を制御する “annealing” は競合し、
最終的には annealing が優先されますが、
下の図にあるように、初期温度が gen-temp のものになってしまうため、
厳密な 0 K からのシミュレーションではなくなってしまします。
また、Gromacs の最新版ですと、.mdp 内の設定名の中に
ハイフン、あるいはアンダーバーがあるもの (例: “gen-temp” あるいは “gen_temp”) は、
ハイフンに統一され、”gmx grompp” あたりで warning が出てしまうという話があります。したがって、もし、Gromacs で MD をされる場合は、
以前の .mdp ファイルではなく、こちらに添付の
.mdp ファイルをご参照ください。ご不便をおかけますこと、深くお詫び申し上げます。
スライド 17 (AmberTools によるリガンドの力場作製) に関する指摘
by t-ohyama » 2022年11月11日(金) 18:12
ある受講者からメールで指摘があったため、この場をお借りして訂正させていただきます。
資料では
“antechamber -i 1H8_resp_HF631Gd.out -fi gout -o 1H8.mol2 -fo mol2 -rn 1H8 -nc 1”
となっていましたが、この方法では「-c resp」が足りないため、mol2ファイルにresp電荷が書き出されず、電荷が0.000000になってしまうように思います。このご指摘、まさにその通りで、私の方で完全に失念しておりました。
FMODD の HP にある夏の学校およびスタートアップ講習会のページに
修正版をアップロードしておきます。投稿記事 by t-ohyama » 2022年10月25日(火) 17:55
MD 計算での最適化の話ですよね？
ログファイル内の指摘にもあるように、MD 前の最適化は、あくまで異常な構造を MD 計算前に緩和する目的で用います。例えば、原子間距離が異常に近いまま MD をすると、反発エネルギーを駆動力とした離れる運動が現れます (実行者が意図していない挙動)。これを回避するために、事前に最適化をするわけです。
公式の FAQ でも公開されています。最終的に MD の結果が得られているのであれば、特に問題はないはずです。MD のログファイルに異常なエネルギー値があったり、トラジェクトリで怪しい挙動があれば、見直す必要はありますが。
最適化のしきい値に到達していない問題が気になる場合、解決方法としては、この記事 が参考になります。翻訳すると
- emstep の値を小さくする。
- 別の最適化アルゴリズムを適用する。
- 倍精度の Gromacs バイナリを利用する。
- より大きなボックスを利用する。
- 力場を確認する。
が解決方法のようです。
by t-ohyama » 2023年2月02日(木) 14:00
myoshim さん
ご指摘ありがとうございます。
スタートアップ講習会や夏の学校で私が配布した .mdp ファイルには
gen-temp が設定されていて、厳密には系の温度が 0K からのスタートでは
なかったこと、申し訳ありません。myoshim さんが書きました:
Amberのマニュアルには
「However, when choosing your initial temperature, don’t start the system at 0 K. This is because it will require a lot of heating and it can also make the system unstable.」
と書かれていましたので、初期温度を0Kにするのは問題があるのではないかと思ったのですが、どうなのでしょうか？いろいろ調べてみたのですが、ちょうど良い解説や回答を見つけることができませんでした。
私の想像ですが、このアニーリングで指定しているのは
サーモスタット (熱浴の熱源) 温度と制御時間であり、
系が大きい場合や高温にする場合、熱源から
系全体に設定された温度 (速度) に到達するまでにラグが生じます。
系の温度が到達していない場合にさらに加熱すると、
系は高温で急激に熱せられることになるため、
構造が崩れてしまうということではないでしょうか？
実際、いくつかのアニーリングの例を見ると、構造の多様性を見るために、
500 K や 1200 K まで上昇させている例があったので、
制御時間のとり方はより注意する必要があると思いました。これを基にすると、生体分子の通常温度 (25 度や 37 度) まで
加熱するシミュレーションであれば、系の大きさに応じた
温度上昇時間にさえ注意すれば良い気がします。
適切な時間は一度テスト計算をして、
系の温度 (サーモスタットではない) から、
最適な値を割り出せば良いかと思います。これは私見ですので、詳しい方がいらっしゃいましたら、
訂正、ご指摘等お願いいたします。
