[k-okuwaki]

by t-ohyama » 2023年2月02日(木) 14:00

myoshim さん

ご指摘ありがとうございます。
スタートアップ講習会や夏の学校で私が配布した .mdp ファイルには
gen-temp が設定されていて、厳密には系の温度が 0K からのスタートでは
なかったこと、申し訳ありません。

myoshim さんが書きました:
Amberのマニュアルには
「However, when choosing your initial temperature, don’t start the system at 0 K. This is because it will require a lot of heating and it can also make the system unstable.」
と書かれていましたので、初期温度を0Kにするのは問題があるのではないかと思ったのですが、どうなのでしょうか？

いろいろ調べてみたのですが、ちょうど良い解説や回答を見つけることができませんでした。
私の想像ですが、このアニーリングで指定しているのは
サーモスタット (熱浴の熱源) 温度と制御時間であり、
系が大きい場合や高温にする場合、熱源から
系全体に設定された温度 (速度) に到達するまでにラグが生じます。
系の温度が到達していない場合にさらに加熱すると、
系は高温で急激に熱せられることになるため、
構造が崩れてしまうということではないでしょうか？
実際、いくつかのアニーリングの例を見ると、構造の多様性を見るために、
500 K や 1200 K まで上昇させている例があったので、
制御時間のとり方はより注意する必要があると思いました。

これを基にすると、生体分子の通常温度 (25 度や 37 度) まで
加熱するシミュレーションであれば、系の大きさに応じた
温度上昇時間にさえ注意すれば良い気がします。
適切な時間は一度テスト計算をして、
系の温度 (サーモスタットではない) から、
最適な値を割り出せば良いかと思います。

これは私見ですので、詳しい方がいらっしゃいましたら、
訂正、ご指摘等お願いいたします。

• この返信は1年、 7ヶ月前にk-okuwakiが編集しました。

[k-okuwaki]

by myoshim » 2023年2月27日(月) 18:25

こちらにつきまして、
富岳の対話型ジョブで確認したところ
$ spack find -x gromacs
— linux-rhel8-a64fx / fj@4.8.1 ———————————
gromacs@2020.6 gromacs@2021.5 gromacs@2022.4
==> 3 installed packages
ということで
現在、富岳にgromacs@2021.4はインストールされていないようなので、それが原因ではないかと思います。

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by sugiura_kowa » 2023年2月02日(木) 15:44

富岳のABINIT-MPを使ったFMO計算がうまくできないので、ご相談させてください。

テストとして、FMODB収載のPDB ID: 1BL6（FMODB ID: X17ZX）について実施しました。
pdbファイルはFMODBからダウンロードしたものを使用し、
ajfとshファイルはスタートアップ講習会の資料を参考に作成しました。
当構造は347個のフラグメントに分割されましたが、ダイマーの電子密度計算である
347番目のリガンドとアミノ酸間の計算で時間切れ（50時間に設定）になってしまいました。
各ファイルを添付しますので、どこを直したら良いか教えていただけないでしょうか。

もう一点、ログファイルの出力先についてご質問です。
講習会のときにはpdbなどと同じ階層に出力されましたが、今回、
output.19714134 （数字は毎回違う）というフォルダが生成され、さらにその下階層の/0/1/に
stdout.1.0 というファイルで出力されました。
添付のJ1bl6.sh.19714134.out　に上記に関する警告が出ています。
何かのバージョンが当時と変わったことによって、shの書き方も変える必要があるのでしょうか？

色々と原因が不明のため、添付ファイルをご確認いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。

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【富岳】省エネルギーモードジョブ投入依頼~boost ecoモード~

投稿記事 by chiduru » 2022年10月21日(金) 11:58

富岳をご利用の皆様

理研の渡邉千鶴です。

昨今の光熱費の高騰に伴い、富岳のシステムの消費電力を削減するため、
2022/10/21以降は、消費エネルギーが最小のモードである
boost ecoモードでのジョブの実行をお願いします。

———————————————————
boost ecoモード用ジョブスクリプトの指定例
———————————————————
#! /bin/bash

#——- pjsub option ——-#
#PJM -L “rscgrp=small”
#PJM -L “node=16”
#PJM –mpi “proc=32,max-proc-per-node=2”
#PJM -L “elapse=5:00:00”
#PJM -g hp190133
#PJM -j
#PJM -L “freq=2200,eco_state=2” ## boost ecoモードの指定オプション
#PJM -s
・
・
————————————————

省エネルギーモードに関する検討などの詳細は、
添付のzipファイル（中身はpdf）をご確認願います。

どうぞよろしくお願いいたします。

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by okayama_kindai » 2022年11月29日(火) 13:39

ご返信ありがとうございました。

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投稿記事 by chiduru » 2022年11月25日(金) 18:36

fragment.distは、フラグメント間距離情報が出力されたファイルになります。
fragment_pair_rminとrvdwの距離の定義と、その関係について説明します。

———————————–
■　fragment_pair_rmin
———————————–
フラグメントi,j間の最近接原子ペアI,Jの原子間距離[単位：Å]が出力されています。

———————————–
■　rvdw
———————————–
フラグメントi,j間の最近接原子ペアI,Jに対して、以下の式から導出されて出力されています。

rvdw=(I原子の元素のvdW半径+J原子の元素のvdW半径)[単位：bohr]

（例）

H-C：(1.2[Å]+1.5[Å]) / 0.52917720859[Å/bohr] = 5.102260558791237[bohr]
C-C：(1.5[Å]+1.5[Å]) / 0.52917720859[Å/bohr] = 5.669178398656929[bohr]
C-O：(1.5[Å]+1.4[Å]) / 0.52917720859[Å/bohr] = 5.102260558791237[bohr]

———————————————————————-
■　fragment_pair_rminとrvdwの関係について
———————————————————————-
rvdwの距離に対してajfで指定されたLdimer, Lptc, Laocで指定された数値の掛け算した値が、fragment_pair_rminよりも小さいか、大きいかでそれぞれの近似が適用されるかどうか決まります。

• この返信は1年、 7ヶ月前にk-okuwakiが編集しました。

[k-okuwaki]

• 対象:
  • (A) GPCR + CAU (Mw: 298.38) (FMODB ID: P9M92)
  • (B) GPCR + P0G (Mw: 370.44) (FMODB ID: XNZ9Q)
• 基底関数: 6-31G(d)
• スタックサイズ: 256 MB
• 結論: 分子量 300-370 程度のリガンドの場合、8-16ノード、max-proc-per-node は 2 での利用がお勧めです。

<< 詳細データ >>

• BasisSet = Conv MP2
  • Node = 8
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 8; Memory = 12000)
      (A) 43900.5 sec. = 12.2 hr. → 97.6 node×hr.
      (B) 47520.3 sec. = 13.2 hr. → 105.6 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 16; Memory = 6000)
      (A) 27583.8 sec. = 7.7 hr. → 61.3 node×hr.
      (B) 29799.2 sec. = 8.3 hr. → 66.2 node×hr.
  • Node = 12
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 12; Memory = 12000)
      (A) 29327.5 sec. = 8.1 hr. → 97.8 node×hr.
      (B) 31870.7 sec. = 8.9 hr. → 106.2 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 24; Memory = 6000)
      (A) 18638.1 sec. = 5.2 hr. → 62.1 node×hr.
      (B) 20154.3 sec. = 5.6 hr. → 67.2 node×hr.
  • Node = 16
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 16; Memory = 12000)
      (A) 22794.4 sec. = 6.3 hr. → 101.3 node×hr.
      (B) 23806.1 sec. = 6.6 hr. → 105.8 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 32; Memory = 6000)
      (A) 14010.0 sec. = 3.9 hr. → 62.3 node×hr.
      (B) 15340.5 sec. = 4.3 hr. → 68.2 node×hr.
  • Node = 24
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 24; Memory = 12000)
      (A) 14969.7 sec. = 4.2 hr. → 99.8 node×hr.
      (B) 16269.2 sec. = 4.5 hr. = 108.5 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 48; Memory = 6000)
      (A) 9614.3 sec. = 2.7 hr. → 64.1 node×hr.
      (B) 11394.3 sec. = 3.2 hr. = 76.0 node×hr.
  • Node = 32
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 32; Memory = 12000)
      (A) 11267.2 sec. = 3.1 hr. → 100.2 node×hr.
      (B) 12367.9 sec. = 3.4 hr. → 109.9 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 64; Memory = 6000)
      (A) 7447.0 sec. = 2.1 hr. → 66.2 node×hr.
      (B) 9316.6 sec. = 2.6 hr. → 82.8 node×hr.
  • Node = 48
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 48; Memory = 12000)
      (A) 7729.9 sec. = 2.1 hr. → 103.1 node×hr.
      (B) 9031.7 sec. = 2.5 hr. → 120.4 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 96; Memory = 6000)
      (A) 5762.2 sec. = 1.6 hr. → 76.8 node×hr.
      (B) 7531.4 sec. = 2.1 hr. → 100.4 node×hr.
  • Node = 96
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 96; Memory = 12000)
      (A) 4475.5 sec. = 1.2 hr. → 119.3 node×hr.
      (B) 5902.0 sec. = 1.6 hr. → 157.4 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 192; Memory = 6000)
      (A) 3908.5 sec. = 1.1 hr. → 104.2 node×hr.
      (B) 5792.7 sec. = 1.6 hr. → 154.5 node×hr.
  • Node = 192
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 192; Memory = 12000)
      (A) 2891.2 sec. = 0.8 hr. → 154.2 node×hr.
      (B) 4435.8 sec. = 1.2 hr. → 236.6 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 384; Memory = 6000)
      (A) 2835.9 sec. = 0.8 hr. → 151.2 node×hr.
      (B) 4901.4 sec. = 1.4 hr. → 261.4 node×hr.
  • Node = 384
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 384; Memory = 12000)
      (A) 2327.9 sec. = 0.6 hr. → 248.3 node×hr.
      (B) 3803.1 sec. = 1.1 hr. → 405.7 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 768; Memory = 6000)
      (A) 2886.7 sec. = 0.8 hr. → 307.9 node×hr.
      (B) 5100.2 sec. = 1.4 hr. → 544.0 node×hr.
• BasisSet = CDAM-MP2
  • Node = 8
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 8; Memory = 12000)
      (A) 33986.5 sec. = 9.4 hr. → 75.5 node×hr.
      (B) 47500.4 sec. = 13.2 hr. → 105.6 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 16; Memory = 6000)
      (A) 22927.6 sec. = 6.4 hr. → 51.0 node×hr.
      (B) 29836.8 sec. = 8.3 hr. → 66.3 node×hr.
  • Node = 12
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 12; Memory = 12000)
      (A) 22624.9 sec. = 6.3 hr. → 75.4 node×hr.
      (B) 31834.8 sec. = 8.8 hr. → 106.1 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 24; Memory = 6000)
      (A) 15377.5 sec. = 4.3 hr. → 51.3 node×hr.
      (B) 20155 sec. = 5.6 hr. → 67.2 node×hr.
  • Node = 16
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 16; Memory = 12000)
      (A) 17833.5 sec. = 5.0 hr. → 79.3 node×hr.
      (B) 23790.3 sec. = 6.6 hr. → 105.7 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 32; Memory = 6000)
      (A) 11765.4 sec. = 3.3 hr. → 52.3 node×hr.
      (B) 15344.1 sec. = 4.3 hr. → 68.2 node×hr.
  • Node = 24
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 24; Memory = 12000)
      (A) 11448.9 sec. = 3.2 hr. → 76.3 node×hr.
      (B) 16279.3 sec. = 4.5 hr. → 108.5 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 48; Memory = 6000)
      (A) 7881.0 sec. = 2.2 hr. → 52.5 node×hr.
      (B) 11394.4 sec. = 3.2 hr. → 76.0 node×hr.
  • Node = 32
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 32; Memory = 12000)
      (A) 8647.4 sec. = 2.4 hr. → 76.9 node×hr.
      (B) 12360.1 sec. = 3.4 hr. → 109.9 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 64; Memory = 6000)
      (A) 6224.7 sec. = 1.7 hr. → 55.3 node×hr.
      (B) 9060.5 sec. = 2.5 hr. → 80.5 node×hr.
  • Node = 48
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 48; Memory = 12000)
      (A) 5823.0 sec. = 1.6 hr. → 77.6 node×hr.
      (B) 9031.9 sec. = 2.5 hr. → 120.4 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 96; Memory = 6000)
      (A) 4733.1 sec. = 1.3 hr. → 63.1 node×hr.
      (B) 7544.9 sec. = 2.1 hr. → 100.6 node×hr.
  • Node = 96
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 96; Memory = 12000)
      (A) 3324.5 sec. = 0.9 hr. → 88.7 node×hr.
      (B) 5913.6 sec. = 1.6 hr. → 157.7 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 192; Memory = 6000)
      (A) 3100.3 sec. = 0.9 hr. → 82.7 node×hr.
      (B) 5790.6 sec. = 1.6 hr. → 154.4 node×hr.
  • Node = 192
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 192; Memory = 12000)
      (A) 2240.4 sec. = 0.6 hr. → 119.5 node×hr.
      (B) 4437.1 sec. = 1.2 hr. → 236.6 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 384; Memory = 6000)
      (A) 2346.3 sec. = 0.7 hr. → 125.1 node×hr.
      (B) 4920.9 sec. = 1.4 hr. → 262.4 node×hr.
  • Node = 384
    • Procs/Node = 1 (Threads = 48; Total Procs = 384; Memory = 12000)
      (A) 1737.5 sec. = 0.5 hr. → 185.3 node×hr.
      (B) 3629.5 sec. = 1.0 hr. → 387.1 node×hr.
    • Procs/Node = 2 (Threads = 24; Toatl Procs = 768; Memory = 6000)
      (A) 2090.9 sec. = 0.6 hr. → 223.0 node×hr.
      (B) 5105.7 sec. = 1.4 hr. → 544.6 node×hr.

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